Etter å ha fungert som ordfører I Seattle, Ble Ballinger med i administrasjonen Til President Theodore Roosevelt og fungerte som kommissær For General Land Office Fra 1907 til 1908. I 1909 bidro Ballinger til å organisere Alaska-Yukon-Pacific Exposition, En Verdensutstilling for å markere utviklingen I Nordvest.
i 1909 til tross for tidligere løfter om å beholde Tidligere President Roosevelts kabinettoffiserer, utnevnte Nyvalgte President William Howard Taft Ballinger til å erstatte verner (Og stipendiat Ohioan) James R. Garfield SOM USAS Innenriksminister. En av hans første handlinger var å tilbakekalle utøvende beskyttelse av land som potensielt er gjenstand for utvikling av vannkraft i påvente av undersøkelser, og gjenopprette dem til det offentlige området for leasing. Progressive fryktet at vannkraftmonopoler ville gripe slike steder enten for å kontrollere eller forhindre utvikling og ville da diktere energipriser, siden 13 selskaper (inkludert General Electric og Westinghouse) allerede kontrollerte mer enn en tredjedel av vannkraftressursene da Roosevelt forlot kontoret. Men den restaureringen provoserte snart en skandale. I August, i forbindelse Med National Irrigation Conference i Spokane, Washington, publiserte En United Press reporter en historie om 15,868 hektar land I Montana som ble solgt til store selskaper (General Electric, Guggenheim og Amalgamated Copper). Ballinger ignorerte først historien, og anklaget deretter journalister for å motsette seg utviklingen I Vesten. Selv Om At Montana vannkraft historien viste seg å være overdrevet, beskyldninger om favorisering fortsatte å hund Ballinger Som Sekretær For Interiøret.
de mest alvorlige anklagene involverte kullutvikling I Chugach National Forest av En Seattle-utvikler Og Ballinger crony, Clarence Cunningham, og finansiert av et selskap tilknyttet Jp Morgan og Guggenheim-familien I New York City. Gruppen hadde satset 33 krav, Selv Om Alaska land lover ble utformet for å fremme småbønder og hindre monopol og dermed kreves hver fordringshaver for å bevise at han eller hun handlet på hans eller hennes egne vegne, samt begrenset hver fordringshaver til 160 dekar. Mens land commissioner, Ballinger gitt utbygger spesiell tilgang til offentlige filer. I løpet av flere måneders mellomrom i 1908 mellom hans ansettelse som landkommissær og innenriksminister, fungerte Ballinger som agent for cunningham/Morgan / Guggenheim development group med den føderale regjeringen, lobbyvirksomhet Da Innenriksminister Jim Garfield. Ved å bli Innenriksminister, Ballinger tilordnet General Land Kontor etterforsker Louis R. Glavis, og til slutt sparket ham etter at han klaget Til Gifford Pinchot (leder Av Skogbruk Bureau og dermed ansvarlig For Chugach, men også underordnet Innenriksminister), President Taft og samarbeidet med pressen.
en rekke muckraking artikler, inkludert Glavis ‘i novemberutgaven Av Collier’ S Weekly roused the conservationists. En artikkel i Hampton ‘ s selv anklaget President Taft for å være en del av en konspirasjon klekket ut på 1908 Republikanske Konvensjonen. Ballinger igjen avvist kontroversen Og President Taft syntes å ønske ildprøve til slutt, opprettholde at Både Ballinger og Pinchot forble forpliktet Til Roosevelts bevaring politikk. Ballinger truet imidlertid med å gå av med Mindre Taft samtykket til en kongressundersøkelse for å renvaske Ham, og i desember sendte han et brev Til Washington state Republikanske senator Wesley Jones og krevde en fullstendig undersøkelse.
Selv Om Charles Taft rådet Presidenten til å be Om Ballingers avgang, sto Taft ved sin utnevnelse, og justisminister George Wickersham tilbakedaterte til 11. September 1909 en rapport om glavis ‘ avskjedigelse. Etter At En Washington-insider advarte Collier om At Ballinger planla å saksøke sitt magasin etter den planlagte «whitewash», hyret De Louis D. Brandeis som rådgiver. Pinchot gikk offentlig med sine forskjeller Med Ballinger tilnærming og hans kontor levert en annen rapport Til Senator Dolliver, Republikanske leder Av Komiteen For Jordbruk og Skogbruk. Dette fikk Taft til å skyte Pinchot også, Mens Roosevelt var I Afrika. Under spesialkomiteens høringer vitnet Både Glavis og Pinchot, og vitnesbyrd Om tilbakedatering av en stenograf fikk Taft til å ta ansvar for å bestille det, selv om stenografen og andre ansatte også ble sparket. Brandeis ‘ avhør gjort Ballinger anti-conservationism klart, men avdekket ikke noe så alvorlig som å rettferdiggjøre kriminelle anklager. Ikke desto mindre hadde den offentlige tilliten Til Ballingers ledelse av Innenriksdepartementet avtatt.
Etter At Det Republikanske partiet tapte tungt i midtveisvalget i November, gikk Ballinger endelig av 12. Mars 1911. Taft hadde erstattet Pinchot med Henry Graves, som var forpliktet til å beskytte Amerikanske skoger, Og Ballinger hjalp Taft med å sikre en ny lov som tillot Taft å trekke offentlige land fra privat utvikling, slik at De kunne beskytte så mange hektar på ett sikt som Roosevelt hadde i nesten to termer. Men Serien Av Ballinger – relaterte skandaler, Tafts lojalitet til hans embattled ansatt, Og Ballinger nektet å trekke seg i mer enn ni ekstra måneder—kombinert med kontroverser over payne–Aldrich—tariffen-splittet Det Republikanske Partiet og bidro til å snu valget I 1912 mot Taft.