typy komórek we krwi smoka Komodo
próbkę krwi uzyskano od Smoka Komodo o imieniu Tujah w parku zoologicznym farmy aligatorów Świętego Augustyna zgodnie z wymaganymi procedurami bezpieczeństwa i regulacyjnymi oraz z odpowiednie zatwierdzenia. W czasie zbierania, byliśmy zainteresowani zbieraniem zarówno genomowego DNA do sekwencjonowania, jak i mRNA do generowania biblioteki cDNA, aby ułatwić nasze badania proteomiczne. U ptaków heterofile (białe krwinki) wykazują ekspresję wielu peptydów przeciwdrobnoustrojowych . Peptydy przeciwdrobnoustrojowe zidentyfikowane z heterofili kurzych wykazują znaczące działanie przeciwdrobnoustrojowe i immunomodulujące skierowane do gospodarza . W związku z tym, po uzyskaniu wstępnej próbki świeżej krwi smoka z Komodo, pozwoliliśmy, aby białe krwinki osiadły z krwi i zebraliśmy je, ponieważ prawdopodobnie były zaangażowane w ekspresję peptydów przeciwdrobnoustrojowych. Zebrane Komodo Smocze białe krwinki zostały następnie podzielone równomiernie, przy czym połowa była przetwarzana w celu izolacji genomowego DNA w przygotowaniu do sekwencjonowania i generowania biblioteki, a druga połowa zarezerwowana dla ekstrakcji mRNA do naszych badań proteomicznych.
następnie wykonaliśmy rozmazy i zidentyfikowaliśmy różne typy komórek, które zaobserwowaliśmy. Identyfikacja komórek immunologicznych w Smoczej Krwi Komodo jest trudna ze względu na ograniczoną publikację literatury w celach informacyjnych. Różne typy komórek, które zaobserwowano w rozmazach krwi Wrighta, pokazano na Fig. 2. Zidentyfikowaliśmy te komórki na podstawie podobieństwa do komórek odpornościowych, które wcześniej zidentyfikowaliśmy we krwi aligatora amerykańskiego . Interesujące były duże i wydłużone nukleowane czerwone krwinki tego gada. Ponadto udało się zidentyfikować heterofile (podobne do granulocytów), prawdopodobne źródło peptydów katelicydyny, a także komórki monocytów i limfocytów.
Komodo dragon czerwone krwinki i komórki odpornościowe. Komórki krwi z Komodo Smoka zostały wizualizowane przez Wright stain i zobrazowane w 40x. typy komórek są identyfikowane jako: A. nukleated red blood cell, B. monocyte, C. lymphocyte, and D. heterophil
druga próbka Smoczej Krwi Komodo została później pobrana i przetworzona do ekstrakcji genomowego DNA przez genomikę jaskółczego ogona w celu dodatkowego sekwencjonowania. Naukowcy z Dovetail Genomics nie rozdzielili białych krwinek, a zamiast tego wyodrębnili DNA z komórek granulowanych bezpośrednio z krwi pełnej.
montaż i adnotacja genomu Komodo dragon
poprzednie analizy erytrocytów Komodo dragon z wykorzystaniem cytometrii przepływowej oszacowały rozmiar genomu na około 1,93 Gb . Korzystając z sekwencjonowania deep Illumina i podejścia do jaskółczego ogona, otrzymaliśmy szkicowy zespół genomu o wielkości 1,60 GB, podobny do rozmiaru genomu jaszczurki A. carolinensis, który wynosi 1,78 Gb . Projekt zespołu zawiera 67 605 rusztowań z N50 po 23,2 Mb (Tabela 1). W sumie przewidywano 17 213 genów, z czego 16 757 (97,35%) było adnotowanych. Szacunki kompletności dla CEGMA wyniosły 56% („pełne”) i 94% („częściowe”). Szacowany odsetek powtórzeń w genomie wynosi 35,05%, przy czym większość to linie (38,4%) i SINEs (5,56%) (dodatkowy plik 1: Fig. S1 & dodatkowy plik 2: Tabela S1). Dane genomowe będą dostępne w NCBI z surowymi odczytami sekwencjonowania zdeponowanymi w archiwum odczytu sekwencji (#SRP161190), a zespół genomu w DDBJ/ENA/GenBank w ramach akcesji #VEXN00000000. Wersja montażowa opisana w niniejszym artykule to VEXN01000000.
Identyfikacja potencjalnej odporności wrodzonej i genów peptydów przeciwdrobnoustrojowych
odporność wrodzona u gadów jest krytycznym aspektem ich sukcesu ewolucyjnego, ale pozostaje słabo poznana u tych zwierząt. Odporność wrodzona jest definiowana jako te aspekty odporności, które nie są przeciwciałami i nie są komórkami T. Wrodzone odpowiedzi immunologiczne na inwazyjne patogeny mogą obejmować ekspresję cytokin; aktywację i rekrutację makrofagów, leukocytów i innych białych krwinek; oraz ekspresję peptydów przeciwdrobnoustrojowych, takich jak defensyny i katelicydyny .
w tej pracy przyjęliśmy oparte na genomice podejście do identyfikacji genów wrodzonej odporności w genomie Smoka Komodo. Zsekwencjonowaliśmy Genom Komodo i zbadaliśmy go pod kątem genów i klastrów ważnych antybakteryjnych genów peptydowych odporności wrodzonej (β-defensyny, owodefensyny i katelicydyny), które prawdopodobnie biorą udział w ekspresji wrodzonej odporności u tej gigantycznej jaszczurki.
β-Defenzyna i pokrewne geny w genomie Komodo
Defenzyny są jednym z przykładów stabilizowanych dwusiarczkami peptydów przeciwbakteryjnych, przy czym β-defenzyny są wyjątkowo kręgową rodziną stabilizowanych dwusiarczkami, kationowych peptydów przeciwbakteryjnych zaangażowanych w odporność na kolonizację drobnoustrojów na powierzchniach nabłonka . Peptydy β-defenzyny są definiowane przez charakterystyczny motyw sześciu cysteiny z zachowanymi odstępami między resztami cysteiny (C-X6-C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6-CC) i związanym z tym wzorem wiązania dwusiarczkowego (Cys1-Cys5, Cys2-Cys4 i Cys3-Cys6); zaobserwowano jednak różnice w liczbie i odstępach między resztami cysteiny. Podobnie jak w przypadku innych kationowych peptydów przeciwdrobnoustrojowych, β-defenzyny zwykle wykazują dodatni ładunek netto (kationowy, zasadowy).
jednym z pierwszych obszernych doniesień o roli in vivo ekspresji peptydu β-defenzyny u gadów jest indukowana ekspresja β-defenzyn u zranionych jaszczurek anolowych (Anolis carolinensis). Neutrofile gadów wydają się mieć granulki, które zawierają zarówno peptydy podobne do katelicydyny, jak i peptydy β-defenzyny. peptydy podobne do β-defenzyny znajdują się również w jajach gadów . Powszechnie wiadomo, że niektóre gatunki jaszczurek mogą stracić ogony jako sposób ucieczki drapieżnika, a ogony te następnie regenerują się z miejsca rany bez zapalenia lub infekcji. peptydy β-defenzyny ulegają ekspresji zarówno w granulocytach azurofilowych w łożu rany, jak i w związanym z nimi nabłonku i są obserwowane w fagosomach zawierających zdegradowane bakterie. Istnieje wyraźny brak stanu zapalnego w ranie, który jest związany z regeneracją, a dwie β-defensyny w szczególności ulegają ekspresji na wysokich poziomach w tkankach gojących się ogólnie, wydaje się, że jest znacząca rola β-defensyn w gojeniu się ran i regeneracji u jaszczurki anolowej .
geny β-defenzyny zazwyczaj znajdują się w skupiskach w genomach kręgowców . U ludzi w pięciu skupiskach zidentyfikowano aż 33 geny β-defenzyny . Niedawno analizy genomów kilku gatunków ptaków, w tym kaczki, zięby zebry i kurczaka, wykazały, że genom każdego gatunku zawierał klaster β-defenzyny . Klaster podobny do β-defenzyny został niedawno zidentyfikowany u jaszczurki anolowej (Prickett, M. D., unpublished work in progress), która jest blisko spokrewniona ze smokiem z Komodo . Co ciekawe, Gen katepsyny B (ctsb) został zidentyfikowany jako silny marker klastrów β-defenzyny u ludzi, myszy i kurcząt . W ten sposób zbadaliśmy Genom Komodo dla genu katepsyny B (ctsb) jako potencjalny marker wspomagający identyfikację klastra (- ów) β-defenzyny.
dzięki tym analizom zidentyfikowaliśmy w sumie 66 potencjalnych genów β-defenzyny w genomie Smoka Komodo, z których 18 uważa się za geny β-defenzyny specyficzne dla Smoka Komodo (Tabela 2). Geny β-defenzyny zidentyfikowane na podstawie genomu Smoka Komodo wykazują różnice w rozstawie cysteiny, rozmiarze genu, liczbie reszt cysteiny, które zawierają domenę β-defenzyny, a także liczbie domen β-defenzyny. W odniesieniu do zachowywanych odstępów między resztami cysteiny, zwłaszcza na końcu (C–X6–C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6–CC), odkryliśmy znaczną zmienność w naszej analizie genów β-defenzyny w genomie Smoka Komodo, w tym, że pięć genów β-defenzyny Smoka Komodo ma siedem rezydentów między ostatnimi cysteinami, 16 ma sześć reszt między ostatnimi cysteinami, 42 ma pięć reszt między ostatnimi cysteinami, a trzy Komodo smok β-defenzyny geny defenzyny wykazują bardziej złożone wzorce odstępów między cysteiną a pozostałościami (tabela 2).
podobnie jak w przypadku ptaków i innych gadów, większość genów defenzyny z Komodo wydaje się znajdować w dwóch oddzielnych skupiskach w obrębie tego samego bloku syntenicznego (rys. 3). Jeden klaster jest klastrem β-owodefenzyny flankowanym na jednym końcu przez gen dla rodziny XK, rodziny związanej z podjednostkami grupy krwi Kell, członka 6 (XKR6), a na drugim końcu przez gen dla białka 9 związanego z Myotubularyną (MTMR9). Region intercluster o długości około 400 000 bp obejmuje geny dla rodziny o podobieństwie sekwencji 167, członek a (FAM167A); proto-onkogen BLK, kinaza Tyrozynowa z rodziny Src (BLK); farnezyl-difosforan farnezyl transferaza 1 (FDFT1); i ctsb (cathepsin B), który jest genem flankującym klastra β-defenzyny (Fig. 3). U ptaków, żółwi i krokodyli na drugim końcu klastra β-defenzyny znajduje się gen dla białka błonowego związanego z translokacją 2 (TRAM2). Podobnie jak w przypadku wszystkich innych badanych genomów squamate (jaszczurek i węży), Gen flankujący koniec klastra β-defenzyny nie może być obecnie ostatecznie określony, ponieważ nie ma dostępnych genomów squamate z nienaruszonymi klastrami.
klastry rodziny genów β-defenzyny. Umiejscowienie zidentyfikowanych genów Defenzyny Komodo dragon i ovodefenzyny, podkreślające klastry defenzyny i ovodefenzyny w genomie Komodo dragon
koniec klastra może być flankowany przez XPO1 lub TRAM2 lub żaden z nich. Dwa z trzech genów znalezionych na rusztowaniu 45 Z TRAM2 (VkBD80a, VkBD80b) są prawie identyczne i potencjalnie wynikają z artefaktu montażu. Geny są ortologami końcowego genu w klastrach β-defenzyny ptaków, żółwi i krokodyli. Ortolog anolowy dla tego genu jest izolowany i nie jest związany z TRAM2, XPO1, ani żadnymi innymi β-defensynami, i nie ma β-defensyn w pobliżu ANOLU TRAM2. Dwa z siedmiu genów związanych z XPO1 mają ortologi z jednym z pięciu genów anolowych związanych z XPO1, ale nie można go określić w żadnym z gatunków, jeśli są one częścią reszty klastra β-defenzyny lub częścią dodatkowego klastra. Ortologi węży są związane z TRAM2, ale nie wchodzą w skład gromady.
różnorodność strukturalna
różnorodność można zaobserwować w różnicach w strukturze domeny β-defenzyny. Zazwyczaj β-defenzyna składa się z 2-3 eksonów: peptydu sygnałowego, eksonu z domeną propiece i β-defenzyny z sześcioma cysteinami, a w niektórych przypadkach krótkiego trzeciego eksonu. Różnice w liczbie domen β-defenzyny, wielkości eksonu, liczbie eksonu, nietypowym rozstawie cystein i/lub liczbie cystein w domenie β-defenzyny można znaleźć u wszystkich badanych gatunków gadów (niepublikowane). Istnieją trzy β-defeny z dwiema domenami defenzyny (VkBD7, VkBD34 i VkBD43) i jedna z trzema domenami defenzyny (VkBD39). Geny β-defenzyny Smoka Komodo VkBD12, VkBD13 i VkBD14 oraz ich ortologi w anolach mają Nietypowo Duże eksony. Grupa β-defensyn pomiędzy VkBD16 i VkBD21 ma również Nietypowo Duże eksony. Nietypowe odstępy między resztami cysteiny znajdują się w trzech β-defensynach: VkBD20 (1-3-9-7), VkBD57 (3-4-8-5) i VkBD79 (3-10-16-6). Istnieją cztery β-defenzyny z dodatkowymi resztami cysteiny w domenie β-defenzyny: VkBD6 z 10 resztami cysteiny i grupą trzech β-defensyn, VkBD16, VkBD17 i VkBD18, z ośmioma resztami cysteiny.
dwie domeny β-defenzyny vkbd7 są homologiczne do jednej domeny β-defenzyny vkbd8 z ortologami u innych gatunków Squamata. U jaszczurki anolowej A. carolinensis występują dwa ortologi, LzBD6 z jedną domeną β-defenzyny oraz lzbd82 z dwiema domenami β-defenzyny. Ortologi u węży (SnBD5 i SnBD6) mają jedną domenę β-defenzyny. VkBD34 jest ortologiem LzBD39 w anolach i SnBD15 w wężach. VkBD39 i VkBD43 składają się odpowiednio z trzech i dwóch homologicznych domen β-defenzyny, które są homologiczne do trzeciego eksonu LzBD52, LzBD53 i LzBD55, z których wszystkie mają dwie niehomologiczne domeny β-defenzyny. VkBD40 z jedną domeną β-defenzyny jest homologiczny do drugiego eksonu LzBD52, LzBD53, LzBD54 (z jedną domeną defenzyny) i LzBD55.
wzrost liczby cystein w domenie β-defenzyny powoduje prawdopodobnie powstanie dodatkowych mostków dwusiarczkowych. Przykłady tej odmiany można znaleźć w psittacine β-defenzyny, Psittaciforme AvBD12 . Domena β-defenzyny w VkBD6 wydaje się składać z 10 cystein, z których cztery są częścią rozszerzenia po typowej domenie β-defenzyny z dodatkową sparowaną cysteiną (C-X6-C-X4-C-X9-C-X6-CC-X7-C-X7-CC-X5-C). Grupa β-defensyn Komodo VkBD16, VkBD17 i VkBD18, oprócz nietypowego rozstawu cystein, posiada również osiem cystein w typowej liczbie reszt. Β-defenzyna podążająca za tą grupą, VkBD19, jest paralogiem tych trzech genów; jednak domena β-defenzyny zawiera bardziej typowe sześć reszt cysteiny.
struktury genowe tych genów β-defenzyny Komodo podlegają potwierdzeniu z dowodami potwierdzającymi. W jaszczurkach anolowych występuje wiele nietypowych elementów struktury, w tym dodatkowe egzony domeny nie β-defenzyny lub większe egzony.
analizy sekwencji peptydowych kodowanych przez nowo zidentyfikowane geny β-defenzyny Komodo Dragon wykazały, że większość (53 Z 66) z nich ma dodatni ładunek netto w warunkach fizjologicznych, co jest typowe dla tej klasy peptydów przeciwdrobnoustrojowych (Tabela 3). Należy jednak zauważyć, że przewiduje się, że cztery peptydy (VkBD10, VkBD28, VkBD30 i VkBD34) są słabo kationowe lub neutralne (+ 0,5–0) przy pH 7, podczas gdy przewiduje się, że dziewięć peptydów (VkBD3, VkBD4, VkBD11, VkBD19, VkBD23, VkBD26, VkBD35, VkBD36 i VkBD37) jest słabo lub silnie kationowych.anionowe. Wyniki te sugerują, że podczas gdy peptydy te wykazują kanoniczne cechy strukturalne β-defenzyny i znajdują się w klastrach genów β-defenzyny, jeden lub więcej z tych genów może nie kodować peptydów podobnych do β-defenzyny lub kanonicznych β-defenzyn, ponieważ β-defenzyny są zazwyczaj kationowe, a ich ładunek dodatni przyczynia się do ich aktywności przeciwdrobnoustrojowej.
Identyfikacja genów owodefenzyny Smoka Komodo
geny Owodefenzyny stwierdzono u wielu gatunków ptaków i gadów, których ekspresję stwierdzono w białku jaja i innych tkankach. Wykazano, że ovodefenzyny, w tym peptyd kurzego Gallina (Gallus gallus OvoDA1) wykazują działanie przeciwbakteryjne przeciwko Gram-ujemnym E. coli i Gram-dodatnim S. aureus. Przypuszczalne β-owodefenzyny znajdują się w gromadzie w tym samym bloku syntenicznym, co Gromada β-defenzyny u ptaków i gadów. Stwierdzono 19 β-owodefenzyn w A. carolinensis (jedna z domeną β-defenzyny cysteiny) i pięć w wężach (cztery z domeną β-defenzyny cysteiny) (Prickett, M. D., niepublikowane prace w toku). Gromada smoków Komodo składa się z sześciu β-owodefenzyn (tabele 4 i 5). Dwa z nich mogą być specyficzne dla Komodo Smoka; VkOVOD1, który jest pseudo-ortologiem SnOVOD1 oprócz pierwszego β-owodefenzyny u żółwi i krokodyli. Domeny defenzyny VkOVOD3, Vkovod4 i Vkovod6 składają się z ośmiu cystein, ortologów SnOVOD2, SnOVOD3 i SnOVOD5, odpowiednio. VkOVOD4 i vkovod6 są ortologami LzOVOD14.
Identyfikacja genów katelicydyny smoka z Komodo
geny peptydu katelicydyny zostały niedawno zidentyfikowane u gadów za pomocą metod genomicznych . U ptaków , węży i jaszczurki anolowej zidentyfikowano kilka genów peptydowych katelicydyny . Uwalnianie funkcjonalnych peptydów przeciwdrobnoustrojowych katelicydyny zaobserwowano z heterofili kurzych, co sugeruje, że heterofile gadów mogą być również źródłem tych peptydów . Alibardi et al. zidentyfikowano peptydy katelicydyny ulegające ekspresji w tkankach jaszczurki anolowej, w tym związane z heterofilami . Uważa się, że peptydy antybakteryjne katelicydyny odgrywają kluczową rolę w wrodzonej odporności u innych zwierząt i dlatego prawdopodobnie odgrywają tę rolę również u smoka z Komodo.
u jaszczurek anolowych klaster genów katelicydyny, składający się z 4 genów, jest zorganizowany w następujący sposób: <FASTK> klaster katelicydyny <KLHL18>. Szukaliśmy podobnego klastra katelicydyny w genomie smoków z Komodo. Przeszukanie genomu smoka z Komodo w poszukiwaniu genów podobnych do katelicydyny ujawniło skupisko trzech genów, które mają „domenę podobną do katelidyny”, co jest pierwszym wymogiem genu katelicydyny, zlokalizowanego na jednym końcu saffolda 84. Jednak ten region rusztowania 84 ma problemy z montażem z lukami, izolowanymi eksonami i duplikacjami. Zidentyfikowane geny katelicydyny z Komodo zostały nazwane na cześć ich ortologów anolowych. Dwie katelicydyny smoków z Komodo (Katelicydyna2 i Katelicydyna4.1) znajdują się w sekcjach bez problemów z montażem. Natomiast Katlicydyna4.2 została skonstruowana przy użyciu zróżnicowanego zestawu eksonów 1-3 i niewłaściwego eksonu 4, aby stworzyć kompletny gen, który jest paralogiczny z Katelicydyną4.1. Ponieważ Gromada znajduje się na jednym końcu rusztowania, mogą istnieć dodatkowe niezidentyfikowane katelicydy, które nie są przechwycone w tym zbiorze.
wspólną cechą sekwencji genów peptydu przeciwdrobnoustrojowego katelicydyny jest to, że n-końcowa domena Katelin koduje co najmniej 4 cysteiny. W naszym badaniu katelicydyn aligatora i węża zauważyliśmy również, że zazwyczaj po ostatniej cysteinie wzór trzech pozostałości składający się z VRR lub podobnej sekwencji natychmiast poprzedza przewidywany C-końcowy kationowy peptyd Przeciwbakteryjny . Dodatkowe wymagania dotyczące sekwencji genu peptydu przeciwdrobnoustrojowego katelicydyny są takie, że koduje on peptyd naładowany dodatnio w regionie C-końcowym, jest zwykle kodowany przez czwarty ekson i ma zazwyczaj około 35 aa długości (zakres 25-37) . Ponieważ naturalnie występująca proteaza odpowiedzialna za rozszczepianie i uwalnianie funkcjonalnych peptydów przeciwdrobnoustrojowych nie jest znana, przewidywanie dokładnego miejsca rozszczepiania jest trudne. Jak widać w tabeli 6, przedstawiono przewidywane sekwencje aminokwasowe dla każdego ze zidentyfikowanych kandydatów na gen katelicydyny Komodo dragon. Przeprowadzając naszą analizę każdej sekwencji, dokonaliśmy prognoz i wniosków na temat tego, czy każdy potencjalny Gen katelicydyny może kodować peptyd przeciwdrobnoustrojowy.
można zauważyć, że przewidywana N-końcowa Sekwencja białkowa Cathelicidin2_VARKO (VK-CATH2) zawiera cztery cysteiny (podkreślona, Tabela 6). Jednak nie ma oczywistej sekwencji ” VRR ” lub podobnej w ~ 10 aminokwasach po ostatniej pozostałości cysteiny, jak widzieliśmy w aligatorze i powiązanych sekwencjach katelicydyny . Ponadto analiza 35 C-końcowych aminokwasów ujawnia przewidywaną sekwencję peptydową pozbawioną dodatniego ładunku netto. Z tych powodów przewidujemy, że sekwencja genu Cathelicidin2_VARKO nie koduje aktywnego peptydu przeciwdrobnoustrojowego katelicydyny na jego końcu C (Tabela 7).
dla zidentyfikowanego genu Katelicydyny4. 1_VARKO przewidywana domena katelityczna zawiera wymagane cztery reszty cysteiny (Tabela 6), A Sekwencja ” VTR „jest obecna w 10 aminokwasach ostatniej cysteiny, podobnie jak Sekwencja” VRR ” w genie katelicydyny aligatora . Przewiduje się, że peptyd 33-aa C-końcowy po sekwencji „VTR” ma ładunek netto + 12 przy fizjologicznym pH , a duża część sekwencji jest spiralna, co jest zgodne z katelicydynami. Większość znanych katelicydyn zawiera segmenty o znacznej strukturze spiralnej . Wreszcie, analiza sekwencji przy użyciu bazy danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych wskazuje, że peptyd jest potencjalnie kationowym peptydem przeciwdrobnoustrojowym . Dlatego przewidujemy, że gen ten prawdopodobnie koduje aktywny peptyd przeciwdrobnoustrojowy katelicydyny, zwany VK-CATH4.1 (Tabela 7).
ponadto peptyd ten wykazuje pewną homologię z innymi znanymi peptydami przeciwdrobnoustrojowymi w bazie danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych(tabela 8). Wykazuje szczególnie wysoki stopień podobieństwa sekwencji do peptydów katelicydyny zidentyfikowanych z squamates, z przykładami zawartymi w tabeli 8. Tak więc przewidywany peptyd VK-CATH4.1 ma wiele cech charakterystycznych peptydu katelicydyny i jest silnym kandydatem do dalszych badań. Tabela 8 przedstawia dopasowanie VK_CATH4 .1 do znanych peptydów w bazie danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych.
dla zidentyfikowanego genu Katelicydyny4.2_VARKO przewidywana domena Katelin zawiera wymagane cztery reszty cysteiny (Tabela 6). Jak zauważono w genie Cathelicidin4.1_VARKO, Sekwencja ” VTR ” jest obecna w 10 aminokwasach czwartej reszty cysteiny i bezpośrednio poprzedza segment C-końcowy, który koduje peptyd 30-aa, który jest przewidywany jako przeciwdrobnoustrojowy . Przewiduje się, że sekwencja aminokwasowa peptydu C-końcowego ma ładunek netto + 10 przy fizjologicznym pH i wykazuje różne stopnie homologii do innych znanych peptydów przeciwdrobnoustrojowych w bazie danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych . Tak więc, podobnie jak VK-CATH4.1, ten peptyd kandydujący wykazuje również wiele cech charakterystycznych związanych z peptydami katelicydyny i jest drugim silnym kandydatem do dalszych badań. Tabela 8 przedstawia homologię i zgodność VK-CATH4.2 ze znanymi peptydami z bazy danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych. Na końcu Sekwencja genu kodującego funkcjonalny peptyd VK-CATH4.2 znajduje się na eksonie 4, który jest typową lokalizacją aktywnego peptydu katelicydyny. Ekson ten koduje sekwencję peptydową LDRVTRRRRRFFQKAKRFVKRHGVSIAVGAYRIIG.
przewidywany peptyd VK-CATH4.2 jest wysoce homologiczny z peptydami z innych przewidywanych genów katelicydyny, z podobnymi przewidywanymi peptydami C-końcowych z A. carolinensis, G. japonicus i P. bivittatus (tabela 8). Pozostałości 2-27 VK-CATH4.2 są w 65% identyczne i w 80% podobne do przewidywanego peptydu C-końcowego katelicydyny-2 (xp_008116755.1, aa 130-155). Pozostałości 2-30 VK-CATH4.2 są w 66% identyczne i w 82% podobne do przewidywanego peptydu C-końcowego związanego z Katelicydyną związanego z Gekonem (xp_015277841.1, aa 129-151). Wreszcie, aa 2-24 VK-CATH4.2 jest w 57% identyczny i w 73% podobny do przewidywanego peptydu C-końcowego związanego z Katelicydyną (xp_007445036.1, aa 129-151).