tipuri de celule din sângele dragonului Komodo
o probă de sânge a fost obținută de la un dragon Komodo numit Tujah la Parcul Zoologic Saint Augustine Alligator Farm în conformitate cu procedurile de siguranță și reglementare necesare și cu aprobările corespunzătoare. La momentul colectării, am fost interesați să colectăm atât ADN genomic pentru secvențiere, cât și ARNm pentru a genera o bibliotecă ADNc pentru a facilita studiile noastre proteomice. La păsări, heterofilele (celulele albe din sânge) sunt cunoscute pentru a exprima mai multe peptide antimicrobiene . Peptidele antimicrobiene identificate din heterofilele de pui prezintă activități imunomodulatoare semnificative antimicrobiene și direcționate de gazdă . În consecință, după obținerea unui eșantion inițial de sânge proaspăt de dragon Komodo, am permis celulelor albe din sânge să se așeze din sânge și le-am colectat, deoarece ar putea fi implicate în expresia peptidelor antimicrobiene. Celulele albe din sângele dragonului Komodo colectate au fost apoi împărțite uniform, jumătate fiind procesate pentru izolarea ADN-ului genomic în pregătirea secvențierii și generării bibliotecii, iar cealaltă jumătate rezervată extracției ARNm pentru studiile noastre proteomice.
Am efectuat apoi frotiuri și am identificat diferitele tipuri de celule pe care le-am observat. Identificarea celulelor imune în sângele dragonului Komodo este o provocare datorită literaturii publicate limitate pentru referință. Diferitele tipuri de celule care au fost observate în frotiurile de sânge colorate de Wright sunt prezentate în Fig. 2. Am identificat aceste celule pe baza asemănării cu celulele imune pe care le-am identificat anterior în sângele aligatorului American . De interes au fost globulele roșii nucleate mari și alungite ale acestei reptile. În plus, am reușit să identificăm heterofilele (similare cu granulocitele), o sursă probabilă de peptide de cathelicidină, precum și celulele monocite și limfocite.
Komodo dragon celule roșii din sânge și celule imune. Celulele sanguine de la Komodo dragon au fost vizualizate de Wright stain și imaginate la 40x. tipurile de celule sunt identificate ca: A. celule roșii din sânge nucleate, B. monocite, C. limfocite și D. heterofil
un al doilea eșantion de sânge de dragon Komodo a fost ulterior colectat și prelucrat pentru extragerea ADN-ului genomic de către genomica coadă de rândunică pentru secvențiere suplimentară. Cercetătorii de la Dovetail Genomics nu au separat celulele albe din sânge și, în schimb, au extras ADN din celulele peletate direct din sângele integral.
asamblarea și adnotarea genomului Dragonului Komodo
analizele anterioare ale eritrocitelor Dragonului Komodo folosind citometria în flux au estimat că genomul are o dimensiune de aproximativ 1,93 Gb . Folosind secvențierea profundă Illumina și abordările de coadă de rândunică, am obținut un ansamblu de genom care a fost de 1,60 Gb mare, similar cu dimensiunea genomului genomului șopârlei A. carolinensis, care este de 1,78 Gb . Proiectul de ansamblu conține 67.605 schele cu N50 de 23,2 Mb (Tabelul 1). Au fost prezise un total de 17.213 gene, iar 16.757 (97,35%) dintre ele au fost adnotate. Estimările privind caracterul complet al cegma au fost de 56% (‘complet’) și 94% (‘parțial’). Procentul estimat de repetări în genom este de 35,05%, majoritatea fiind linii (38,4%) și SINEs (5,56%) (fișier suplimentar 1: Fig. S1 & fișier suplimentar 2: Tabelul S1). Datele genomice vor fi disponibile la NCBI cu citirea secvențială brută depusă în arhiva de citire a secvenței (#SRP161190) și asamblarea genomului la DDBJ/ENA/GenBank sub aderarea #VEXN00000000. Versiunea de asamblare descrisă în această lucrare este VEXN01000000.
identificarea imunității înnăscute potențiale și a genelor peptidice antimicrobiene
imunitatea înnăscută la reptile este un aspect critic al succesului lor evolutiv, dar rămâne slab înțeleasă la aceste animale. Imunitatea înnăscută este definită ca acele aspecte ale imunității care nu sunt anticorpi și nu celule T. Răspunsurile imune înnăscute la agenții patogeni invadatori pot include expresia citokinelor; activarea și recrutarea macrofagelor, leucocitelor și a altor celule albe din sânge; și expresia peptidelor antimicrobiene, cum ar fi defensinele și cathelicidinele .
Am adoptat o abordare bazată pe genomică pentru identificarea genelor imunității înnăscute în genomul Dragonului Komodo în această lucrare. Am secvențiat genomul Komodo și l-am examinat pentru gene și grupuri de gene importante de peptide antimicrobiene cu imunitate înnăscută (Centauri-defensine, ovodefensine și cathelicidine), care sunt probabil implicate în expresiile imunității înnăscute în această șopârlă uriașă.
XV-Defensina și genele înrudite din genomul Komodo
Defensinele sunt un exemplu de peptide antimicrobiene stabilizate cu disulfură, cu pentafensinele fiind o familie unică de vertebrate de peptide antimicrobiene stabilizate cu disulfură, cationice implicate în rezistența la colonizarea microbiană la suprafețele epiteliale . Peptidele-defensină sunt definite printr-un motiv caracteristic cu șase cisteină, cu spațierea reziduurilor de cisteină conservate (C–X6–C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6–CC) și modelul asociat de legare a disulfurilor (Cys1-Cys5, Cys2-Cys4 și Cys3-Cys6); cu toate acestea, s-au observat variații ale numărului și distanței dintre reziduurile de cisteină. Ca și în cazul altor peptide antimicrobiene cationice, pentox-defensinele prezintă de obicei o sarcină pozitivă netă (cationică, bazică).
unul dintre primele rapoarte ample despre un rol in vivo pentru expresia peptidelor de apărare a centimetrilor la reptile este expresia inductibilă a defensinelor de apărare a centimetrilor la șopârlele anole rănite (Anolis carolinensis) . Neutrofilele de Reptile par să aibă granule care conțin atât peptide asemănătoare cathelicidinei, cât și peptide de apărare de la Centauri. peptidele asemănătoare cu Pentagonul se găsesc și în ouăle de reptile . Este bine cunoscut faptul că unele specii de șopârlă își pot pierde cozile ca metodă de evadare a prădătorului și că aceste cozi se regenerează apoi de la locul plăgii fără inflamație sau infecție. peptidele de apărare-X-X sunt exprimate atât în granulocitele azurofile din patul plăgii, cât și în epiteliul asociat și sunt observate în fagozomii care conțin bacterii degradate. Există o lipsă distinctă de inflamație la nivelul plăgii, care este asociată cu regenerarea, iar două centiv-defensine în special sunt exprimate la niveluri ridicate în țesuturile de vindecare în general, pare să existe un rol semnificativ pentru centiv-defensinele în vindecarea și regenerarea rănilor la șopârla anolă .
s-a observat, în general, că genele de defensină de la grupul de gene din cadrul genomului vertebratelor . La om, au fost identificate până la 33 de gene de apărare de la suta la suta in cinci grupuri . Recent, analizele genomului mai multor specii aviare, inclusiv rață, cinteză zebră și pui, au arătat că genomul fiecărei specii conținea un grup de apărare de la un număr de la un număr de la un număr de la un număr de la un grup de specii . Recent a fost identificat un grup genic asemănător cu cel de apărare în cazul șopârlei anole (Prickett, M. D., lucrare nepublicată în curs), care este strâns legată de dragonul Komodo . Interesant este faptul că gena catepsinei B (CTSB) a fost identificată ca un marker puternic pentru grupurile de apărare a centaurilor la oameni, șoareci și găini . Astfel, am examinat genomul Komodo pentru gena catepsinei B(CTSB) ca un marker potențial pentru a ajuta la identificarea clusterului (clusterelor) de apărare a centimetrului.
prin aceste analize, am identificat un total de 66 de gene potențiale de apărare în genomul Dragonului Komodo, dintre care 18 sunt considerate a fi gene de apărare specifice Dragonului Komodo (Tabelul 2). Genele de defensină de la numărul de centimetrii identificați din genomul Dragonului Komodo prezintă variații în spațierea cisteinei, dimensiunea genei, numărul de reziduuri de cisteină care cuprind domeniul de defensină de la numărul de centimetrii, precum și numărul de domenii de apărare de la numărul de la numărul de centimetrii. Cu privire la conservate reziduuri de cisteină spațiere, mai ales la sfârșitul (C–X6–C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6–CC), am constatat o variabilitate considerabilă în analiza noastră de β-defensin gene în dragonul de Komodo genomului, în care cinci Komodo dragon β-defensin gene au șapte se află între ultimul cysteines, 16 aveți șase reziduuri între ultimele cysteines, 42 au cinci reziduuri între ultimele cysteines, și trei Komodo dragon β-defensin gene prezintă mai complexe cisteină-reziduuri spațiere modele (Tabelul 2).
ca și în cazul păsărilor și al altor reptile, majoritatea genelor defensinei Dragonului Komodo par să locuiască în două grupuri separate în cadrul aceluiași bloc syntenic (Fig. 3). Un cluster este un cluster de ovodefensină, flancat la un capăt de gena pentru XK, familia legată de subunitatea complexă a grupului sanguin Kell, membrul 6 (XKR6) și la celălalt capăt de gena pentru proteina 9 legată de Miotubularină (MTMR9). Regiunea interclusivă de aproximativ 400.000 bp include genele pentru familia cu similitudine de secvență 167, membru A (FAM167A); proto-oncogen BLK, familia src tirozin kinază (BLK); Farnesil-difosfat farnesil transferaza 1 (FDFT1); și CTSB (catepsina B), care este o genă de flancare pentru clusterul de apărare a centimetrului (Fig. 3). La păsări, broaște țestoase și crocodilieni, celălalt capăt al clusterului de apărare a centimetrului este urmat de gena pentru proteina de membrană asociată translocării 2 (TRAM2). La fel ca în cazul tuturor celorlalte genomuri de squamat (șopârle și șerpi) chestionate, gena de flancare pentru sfârșitul clusterului de apărare a xixt nu poate fi determinată definitiv în prezent, deoarece nu există genomi de squamat cu clustere intacte disponibile.
grupuri familiale de gene de apărare. Locații de schelă ale genelor identificate ale defensinei Dragonului Komodo și ovodefensinei, evidențiind grupurile de defensină și ovodefensină din genomul Dragonului Komodo
sfârșitul clusterului ar putea fi fie flancat de XPO1 sau TRAM2 sau niciunul. Două dintre cele trei gene găsite pe schela 45 cu TRAM2 (VkBD80a, VkBD80b) sunt aproape identice și potențial rezultatul unui artefact de asamblare. Genele sunt ortologi pentru gena finală în aviar, broască țestoasă, și crocodilian grupuri de apărare. Ortologul Anol pentru această genă este izolat și nu este asociat cu TRAM2, XPO1 și nici cu alte tipuri de apărare de la centi, și nu există nici un fel de apărare de la centi în apropierea ANOLULUI de la TRAM2. Două dintre cele șapte gene asociate cu XPO1 au ortologi cu una dintre cele cinci gene anole asociate cu XPO1, dar nu poate fi determinat la nici una dintre specii dacă acestea fac parte din restul clusterului de apărare a centimetrului sau fac parte dintr-un cluster suplimentar. Ortologii de șarpe sunt asociați cu TRAM2, dar nu fac parte din cluster.
diversitatea structurală
diversitatea poate fi văzută în variațiile de structură ale domeniului-defensin. În mod tipic, un pentox-defensin este format din 2-3 exoni: o peptidă semnal, un exon cu domeniul propiece și un domeniu de apărare cu șase cisteine și, în unele cazuri, un al treilea exon scurt. Variații în numărul de β-defensin domenii, exonul dimensiune, exonul număr, atipice distanța dintre cysteines, și/sau numărul de cysteines în β-defensin domeniu pot fi găsite în toate specii de reptile chestionate (nepublicate). Există trei domenii-defensin cu două domenii defensin (VkBD7, VkBD34 și VkBD43) și unul cu trei domenii defensin (VkBD39). Genele Komodo dragon XV-defensin VkBD12, VkBD13 și VkBD14 și ortologii lor în anoli au exoni atipici mari. Grupul de apărări de la XV între VkBD16 și VkBD21 are, de asemenea, exoni atipici mari. Spațierea atipică între reziduurile de cisteină se găsește în trei sisteme de apărare ale sistemului, VkBD20 (1-3-9-7), VkBD57 (3-4-8-5) și VkBD79 (3-10-16-6). Există patru sisteme de apărare a sistemului de apărare a sistemului de apărare a sistemului de apărare a sistemului de apărare a sistemului de apărare a sistemului: VkBD6 cu 10 reziduuri de cisteină și un grup de trei reziduuri de cisteină, VkBD16, VkBD17 și VkBD18, cu opt reziduuri de cisteină.
cele două domenii de apărare ale VkBD7 sunt omoloage domeniului de apărare al VkBD8 cu ortologi la alte specii de Squamata. La șopârla anolă A. carolinensis există doi ortologi, LzBD6 cu un domeniu de apărare de la sută la sută și lzbd82 fără cluster cu două domenii de apărare de la sută la sută. Ortologii din șerpi (SnBD5 și SnBD6)au un domeniu de apărare de la sută. VkBD34 este un ortolog al LzBD39 în anoli și SnBD15 în șerpi. VkBD39 și VkBD43 constau din trei și, respectiv, două domenii omoloage de apărare de la XV, care sunt omoloage cu al treilea Exon al LzBD52, LzBD53 și LzBD55, toate având două domenii non-omoloage de apărare de la XV. VkBD40 cu un domeniu de defensin-uri-este omolog cu al doilea Exon al LzBD52, LzBD53, Lzbd54 (cu un domeniu de defensin) și lzbd55.
o creștere a numărului de cisteine în domeniul de apărare a numărului de centuri are ca rezultat formarea unor punți disulfidice suplimentare. Exemple de această variație pot fi găsite în psittacine XV-defensin, Psittaciforme AvBD12 . Domeniul XV-defensin al VkBD6 pare să fie format din 10 cisteine, dintre care patru fac parte dintr-o extensie după un domeniu tipic de defensină de la XV cu o cisteină asociată suplimentară (C-X6-C-X4-c-X9-C-X6-CC-X7-C-X7-CC-X5-C). Grupul de Komodo XV-defensins VkBD16, VkBD17 și VkBD18, pe lângă faptul că au o distanță atipică de cisteină, au, de asemenea, opt cisteine într-un număr tipic de reziduuri. În urma acestui grup, VkBD19, este un paralog al acestor trei gene; cu toate acestea, domeniul de apărare al acestui grup conține cele mai tipice șase reziduuri de cisteină.
structurile genetice ale acestor gene Komodo-defensin sunt supuse confirmării cu dovezi justificative. Există o serie de elemente de structură atipice în șopârlele anole, inclusiv exoni suplimentari din domeniul non-defensin sau exoni mai mari.
analizele secvențelor peptidice codificate de genele nou identificate Komodo dragon-defensin au arătat că majoritatea (53 din 66) dintre ele sunt prezise a avea o sarcină pozitivă netă în condiții fiziologice, așa cum este tipic pentru această clasă de peptide antimicrobiene (Tabelul 3). Cu toate acestea, este de remarcat faptul că patru peptide (VkBD10, VkBD28, VkBD30 și VkBD34) sunt prezise a fi slab cationice sau neutre (+ 0,5–0) la pH 7, în timp ce nouă peptide (VkBD3, VkBD4, VkBD11, VkBD19, VkBD23, VkBD26, VkBD35, VkBD36 și VkBD37) sunt prezise a fi slab până la puternic anionice. Aceste constatări sugerează în timp ce aceste peptide prezintă caracteristici structurale canonice de tip pentox-defensin și se află în grupuri de gene de tip pentox-defensin, una sau mai multe dintre aceste gene nu pot codifica peptide asemănătoare cu pentox-defensin sau pentox-defensine canonice, deoarece pentox-defensinele sunt de obicei cationice și sarcina lor pozitivă contribuie la activitatea lor antimicrobiană.
identificarea genelor Ovodefensinei Dragonului Komodo
genele Ovodefensinei au fost găsite la mai multe specii aviare și reptile , cu expresie Găsită în albusul de ou și în alte țesuturi. Ovodefensinele, inclusiv peptida de pui gallin (Gallus gallus OvoDA1), s-au dovedit a avea activitate antimicrobiană împotriva E. coli Gram-negative și a S. aureus Gram-pozitiv. Prezumtiv-ovodefensinele se găsesc într-un cluster în același bloc syntenic ca și cluster-ul-defensin la păsări și reptile. Au fost găsite 19 ovodefensine de la A. carolinensis (una cu un domeniu de opt cisteină-defensin) și cinci la șerpi (patru cu un domeniu de opt cisteină-defensin) (Prickett, M. D., lucrare nepublicată în curs). Clusterul Komodo dragon este format din șase ovodefensine-ovodefensine (tabelele 4 și 5). Două dintre acestea pot fi specifice Dragonului Komodo; VkOVOD1, care este un pseudois un ortolog al SnOVOD1 în plus față de primul ovodefensin-ovodefensin la broaște țestoase și crocodilieni. Domeniile defensin VkOVOD3, VkOVOD4 și VkOVOD6 constau din opt cisteine, ortologi ai SnOVOD2, SnOVOD3 și, respectiv, SnOVOD5. VkOVOD4 și VkOVOD6 sunt ortologi ai LzOVOD14.
identificarea genelor cathelicidinei Dragonului Komodo
genele peptidice Cathelcidine au fost identificate recent în reptile prin abordări genomice . Mai multe gene peptidice de cathelicidină au fost identificate la păsări , șerpi și șopârlă anolă . Eliberarea peptidelor antimicrobiene cathelicidine funcționale a fost observată din heterofilele de pui, sugerând că heterofilele reptiliene pot fi, de asemenea, o sursă a acestor peptide . Alibardi și colab. au identificat peptide cathelicidin fiind exprimate în țesuturile Anol șopârlă, inclusiv asociate cu heterofile . Se crede că peptidele antimicrobiene cathelicidine joacă roluri cheie în imunitatea înnăscută la alte animale și, prin urmare, joacă acest rol și în dragonul Komodo.
la șopârlele anole, grupul de gene cathelicidină, format din 4 gene, este organizat după cum urmează: < FASTK>cluster cathelicidină <KLHL18>. Am căutat un grup similar de cathelicidine în genomul Dragonului Komodo. Căutarea genomului Dragonului Komodo pentru gene asemănătoare cathelicidinei a dezvăluit un grup de trei gene care au un „domeniu asemănător catelinei”, care este prima cerință a unei gene cathelicidine, situată la un capăt al saffold 84. Cu toate acestea, această regiune a schelei 84 are probleme de asamblare cu lacune, exoni izolați și duplicări. Genele cathelicidinei Dragonului Komodo identificate au fost numite după ortologii lor anoli. Două dintre cathelicidinele Dragonului Komodo (Cathelicidin2 și Cathelicidin4.1) se află în secțiuni fără probleme de asamblare. În schimb, Cathlicidin4.2 a fost construit folosind un set divers de exoni 1-3 și un exon 4 deplasat pentru a crea o genă completă, care este paralogă la Cathelicidin4.1. Deoarece clusterul se găsește la un capăt al schelei, pot exista cathelicidine neidentificate suplimentare care nu sunt capturate în acest ansamblu.
o caracteristică comună a secvențelor genei peptidice antimicrobiene a cathelicidinei este că domeniul n-terminal al catelinei codifică cel puțin 4 cisteine. În studiul nostru privind aligatorii și cathelicidinele de șarpe, am observat, de asemenea, că, de obicei, după ultima cisteină, un model de trei reziduuri constând din VRR sau o secvență similară precede imediat peptida antimicrobiană cationică C-terminală prezisă . Cerințele suplimentare ale unei secvențe de gene peptidice antimicrobiene cathelicidină sunt că codifică o peptidă încărcată net-pozitivă în regiunea C-terminală, este de obicei codificată de al patrulea exon și are de obicei aproximativ 35 aa în lungime (interval 25-37) . Deoarece proteaza naturală responsabilă de scindarea și eliberarea peptidelor antimicrobiene funcționale nu este cunoscută, predicția locului exact de scindare este dificilă. După cum se poate observa în Tabelul 6, sunt enumerate secvențele de aminoacizi prezise pentru fiecare dintre candidații genei cathelicidinei Dragonului Komodo identificați. Efectuând analiza noastră pe fiecare secvență, am făcut predicții și concluzii cu privire la posibilitatea ca fiecare genă potențială de cathelicidină să codifice o peptidă antimicrobiană.
se poate observa că secvența prezisă de proteine n-terminale a Cathelicidinului2_varko (VK-CATH2) conține patru cisteine (subliniate, Tabelul 6). Cu toate acestea, nu există o „VRR” evidentă sau o secvență similară în ~ 10 aminoacizi după ultimul reziduu de cisteină așa cum am văzut în secvențele de aligator și cathelicidină conexe . În plus, analiza aminoacizilor 35 C-terminal relevă o secvență peptidică prezisă lipsită de o sarcină pozitivă netă. Din aceste motive, prezicem că secvența genei Cathelicidin2_VARKO nu codifică o peptidă antimicrobiană cathelicidină activă la capătul său c (Tabelul 7).
pentru Gena Cathelicidin4.1_varko identificată, domeniul catelin prezis include cele patru reziduuri de cisteină necesare (Tabelul 6), iar secvența „VTR” este prezentă în 10 aminoacizi din ultima cisteină, similară secvenței „VRR” din gena cathelicidinei aligator . Peptida C-terminală 33-aa care urmează secvenței” VTR ” este prevăzută să aibă o sarcină netă + 12 la pH fiziologic, iar o mare parte a secvenței este prevăzută a fi elicoidală , ceea ce este în concordanță cu cathelicidinele. Majoritatea cathelicidinelor cunoscute conțin segmente cu structură elicoidală semnificativă . În cele din urmă, analiza secvenței folosind baza de date peptidică antimicrobiană indică faptul că peptida este potențial o peptidă antimicrobiană cationică . Prin urmare, prezicem că această genă codifică probabil o peptidă antimicrobiană activă a cathelicidinei, numită VK-CATH4.1 (Tabelul 7).
în plus, această peptidă demonstrează o anumită omologie cu alte peptide antimicrobiene cunoscute în baza de date a peptidelor antimicrobiene (Tabelul 8). Prezintă un grad deosebit de ridicat de similitudine a secvenței cu peptidele cathelicidinice identificate din squamați, cu exemple incluse în tabelul 8. Astfel, peptida prezisă VK-CATH4.1 are multe dintre caracteristicile distinctive ale unei peptide cathelicidine și este un candidat puternic pentru studii ulterioare. Tabelul 8 prezintă alinierea VK_CATH4 .1 cu peptide cunoscute în baza de date a peptidelor antimicrobiene.
pentru Gena Cathelicidin4.2_varko identificată, domeniul catelin prevăzut include cele patru reziduuri de cisteină necesare (Tabelul 6). După cum sa observat în gena Cathelicidin4.1_varko, secvența „VTR” este prezentă în 10 aminoacizi ai celui de-al patrulea reziduu de cisteină și precede imediat segmentul C-terminal, care codifică o peptidă 30-aa care este prevăzută a fi antimicrobiană . Secvența de aminoacizi a peptidei C-terminale este prevăzută să aibă o sarcină netă + 10 la pH fiziologic și demonstrează grade variate de omologie față de alte peptide antimicrobiene cunoscute în baza de date a peptidelor antimicrobiene . Astfel, la fel ca VK-CATH4.1, această peptidă candidată prezintă, de asemenea, multe dintre caracteristicile distinctive asociate cu peptidele de cathelicidină și este un al doilea candidat puternic pentru studii ulterioare. Tabelul 8 prezintă omologia și alinierea VK-CATH4.2 cu peptide cunoscute din Baza de date a peptidelor antimicrobiene. În cele din urmă, secvența genică care codifică peptida funcțională VK-CATH4.2 se găsește pe exonul 4, care este locația tipică a peptidei cathelicidinei active. Acest exon codifică secvența peptidică LDRVTRRRWRRFFQKAKRFVKRHGVSIAVGAYRIIG.
peptida prezisă VK-CATH4.2 este foarte omologă cu peptidele din alte gene prezise de cathelicidină, cu peptide C-terminale prezise similare, de la A. carolinensis, G. japonicus și P. bivittatus (Tabelul 8). Reziduuri 2-27 de VK-CATH4.2 sunt 65% identice și 80% similare cu peptida C-terminală prezisă ca Anolul Cathelicidin-2 (XP_008116755.1, aa 130-155). Reziduurile 2-30 de VK-CATH4.2 sunt 66% identice și 82% similare cu peptida C-terminală prezisă legată de Gecko Cathelicidină (XP_015277841.1, aa 129-151). În cele din urmă, aa 2-24 din VK-CATH4.2 sunt 57% identice și 73% similare cu peptida C-terminală prezisă legată de Cathelicidină (XP_007445036.1, aa 129-151).