po objęciu funkcji burmistrza Seattle, Ballinger dołączył do administracji prezydenta Theodore ’ a Roosevelta i pełnił funkcję komisarza General Land Office od 1907 do 1908 roku. W 1909 roku Ballinger pomógł zorganizować wystawę Alaska–Yukon–Pacific Exposition, Światową Wystawę mającą na celu podkreślenie rozwoju na północnym zachodzie.
w 1909 r.pomimo wcześniejszych obietnic utrzymania byłych oficerów gabinetu prezydenta Roosevelta, nowo wybrany prezydent William Howard Taft mianował Ballingera na stanowisko sekretarza spraw wewnętrznych USA. Jednym z jego pierwszych aktów było cofnięcie wykonawczej ochrony ziem potencjalnie podlegających rozwojowi energetyki wodnej, przywracając je do domeny publicznej w celu dzierżawy. Postępowcy obawiali się, że Monopole hydroelektryczne przejmą takie miejsca, aby kontrolować lub uniemożliwiać rozwój, a następnie będą dyktować ceny energii, ponieważ 13 firm (w tym General Electric i Westinghouse) kontrolowało już ponad jedną trzecią zasobów wodnych, gdy Roosevelt opuścił biuro. Odbudowa ta jednak wkrótce wywołała skandal. W sierpniu, w połączeniu z National Irrigation Conference w Spokane w stanie Waszyngton, reporter United Press opublikował historię o 15 868 akrach ziemi w Montanie sprzedanej dużym korporacjom (General Electric, Guggenheim i Amalgamated Copper). Ballinger początkowo zignorował tę historię, a następnie oskarżył dziennikarzy o przeciwstawienie się rozwojowi na Zachodzie. Mimo że historia Montany waterpower okazała się przesadna, oskarżenia o faworyzowanie w dalszym ciągu ciągnęły się do ballingera jako sekretarza spraw wewnętrznych.
najpoważniejsze zarzuty dotyczyły wydobycia węgla w Chugach National Forest przez dewelopera z Seattle i Ballingera crony 'ego, Clarence’ a Cunninghama, i sfinansowania go przez korporację powiązaną z J. P. Morganem i rodziną Guggenheimów z Nowego Jorku. Grupa postawiła 33 roszczenia, chociaż prawa ziemskie Alaski zostały zaprojektowane w celu wspierania drobnych rolników i zapobiegania monopolowi, a zatem wymagały od każdego powoda udowodnienia, że działa we własnym imieniu, a także ograniczyły każdego powoda do 160 akrów. Podczas gdy land commissioner, Ballinger przyznał deweloperowi specjalny dostęp do akt rządowych. Podczas kilkumiesięcznej przerwy w 1908 r. pomiędzy zatrudnieniem komisarza ds. ziemi a ministrem spraw wewnętrznych, Ballinger działał jako agent dla Cunningham / Morgan / Guggenheim development group z rządem federalnym, lobbując ówczesnego Ministra Spraw Wewnętrznych Jima Garfielda. Po zostaniu sekretarzem Spraw Wewnętrznych, Ballinger przeniósł głównego śledczego biura ziemskiego Louisa R. Glavis, a ostatecznie zwolnił go po tym, jak złożył skargę do Gifforda Pinchota (szefa Biura Leśnictwa i tym samym odpowiedzialnego za Chugach, choć również podległego Ministrowi Spraw Wewnętrznych), prezydenta Tafta i współpracował z prasą.
seria obskurnych artykułów, w tym Glavisa w listopadowym numerze tygodnika Colliera wzbudziła zainteresowanie konserwatorów. Artykuł w Hampton ’ S nawet oskarżył prezydenta Tafta o udział w spisku Wyklętym na konwencji Republikańskiej w 1908 roku. Ballinger ponownie odrzucił kontrowersje, a prezydent Taft chciał zakończyć gehennę, utrzymując, że zarówno Ballinger, jak i Pinchot pozostali zaangażowani w politykę ochrony Roosevelta. Ballinger zagroził jednak, że poda się do dymisji, jeśli Taft nie zgodzi się na przeprowadzenie śledztwa w celu uniewinnienia go i w grudniu wysłał list do republikańskiego senatora stanu Waszyngton Wesleya Jonesa z żądaniem zakończenia śledztwa.
chociaż nawet Charles Taft doradził prezydentowi, aby poprosił o dymisję Ballingera, Taft stanął przy jego powołaniu, a prokurator generalny George Wickersham nawet przedłożył 11 września 1909 raport dotyczący zwolnienia Glavisa. Po tym, jak Washington insider ostrzegł Colliera, że Ballinger planuje pozwać jego magazyn po planowanym „wybielaniu”, zatrudnił Louisa D. Brandeisa jako swojego doradcę. Pinchot ujawnił swoje różnice w podejściu Ballingera, a jego gabinet przekazał kolejny raport senatorowi Dolliverowi, republikańskiemu przewodniczącemu Komisji Rolnictwa i Leśnictwa. To skłoniło Tafta do zwolnienia Pinchota, podczas gdy Roosevelt był w Afryce. Podczas przesłuchań specjalnej komisji zeznawali zarówno Glavis, jak i Pinchot, a zeznania stenografa skłoniły Tafta do wzięcia odpowiedzialności za zamówienie, chociaż stenograf i inni pracownicy również zostali zwolnieni. Przesłuchanie brandeisa wyraźnie pokazało antypatienizm Ballingera, ale nie odkryło niczego tak poważnego, by uzasadnić zarzuty kryminalne. Mimo to, publiczne zaufanie do kierownictwa Ballingera w Departamencie Spraw Wewnętrznych osłabło.
po przegranej partii Republikańskiej w listopadowych wyborach, Ballinger ostatecznie podał się do dymisji 12 marca 1911. Taft zastąpił Pinchota Henry ’ ego Gravesa, który był zaangażowany w ochronę amerykańskich lasów, a Ballinger pomógł Taftowi zabezpieczyć nowe prawo, które pozwoliło taftowi wycofać publiczne ziemie z prywatnego rozwoju, umożliwiając tym samym ochronę tak wielu akrów w jednej kadencji, jak Roosevelt miał prawie dwie kadencje. Jednak seria skandali związanych z Ballingerem, lojalność Tafta wobec jego obalonego mianowanego i odmowa rezygnacji przez ponad dziewięć dodatkowych miesięcy-w połączeniu z kontrowersjami dotyczącymi taryfy Payne ’ a—Aldricha-podzieliła Partię Republikańską i pomogła odwrócić losy wyborów w 1912 roku przeciwko Taftowi.