uma vez que o músculo esquelético é incapaz de utilizar o ciclo da ureia para eliminar de forma segura os iões de amónio gerados na decomposição dos aminoácidos da cadeia ramificada, tem de se livrar dele de uma forma diferente. Para tal, o amónio é combinado com α-cetoglutarato livre através de uma reacção de transaminação na célula, produzindo glutamato e ácido α-ceto. A alanina aminotransaminase (ALT) cobre então o glutamato de volta para α-cetoglutarato, desta vez transferindo o amónio para piruvato resultante da glicólise, formando alanina livre. O aminoácido alanina atua como um vaivém – ele sai da célula, entrando na corrente sanguínea e viajando para hepatócitos no fígado, onde essencialmente todo este processo é revertido. A alanina sofre uma reacção de transaminação Com α-cetoglutarato livre para produzir glutamato, que é então desaminado para formar piruvato e, em última análise, ião amónio livre. Os hepatócitos são capazes de metabolizar o amônio tóxico pelo ciclo da ureia, eliminando-o com segurança. Tendo livrado as células musculares do íon amônio com sucesso, o ciclo, em seguida, fornece as células do músculo esquelético desprovido de energia com glicose. O piruvato formado a partir da desaminação do glutamato nos hepatócitos sofre gluconeogénese para formar glucose, que pode então entrar na corrente sanguínea e ser fechado ao tecido muscular esquelético, proporcionando-lhe assim a fonte de energia de que necessita.
o ciclo de Cahill requer a presença de alanina aminotransferase (alanina transaminase, ALT), que é restrita a tecidos como músculo, fígado e intestino. Por conseguinte, esta via é utilizada em vez do ciclo Cori apenas quando está presente uma aminotransferase, quando há necessidade de transferir amoníaco para o fígado e quando o corpo está num estado de catabolismo (colapso muscular).