Antes de ganhar fama em filmes, Moriarty trabalhou por vários anos como ator no Teatro Guthrie em Minneapolis. Em 1973, Moriarty foi escalado como o egocêntrico Henry Wiggen em Bang The Drum lentamente, ao lado de Robert De Niro, como um caçador de mentes lento que fica doente terminal. No mesmo ano, Moriarty estrelou uma adaptação cinematográfica de Tennessee Williams ‘ The Glass Menagerie com Katharine Hepburn. Coincidentemente, o filme também contou com Sam Waterston, que mais tarde substituiu Moriarty como o Procurador-Geral Adjunto da Lei & Order. O papel de Moriarty no The Glass Menagerie (como “Jim”, O cavalheiro que ligou; Waterston interpretou o filho “Tom”) lhe rendeu um Emmy Award de Melhor Ator Coadjuvante. Em 1974, Moriarty estrelou como o detetive novato Bo Lockley no aclamado relatório policial drama para o Comissário.Moriarty ganhou um Tony Award em 1974 por sua atuação na peça “Find Your Way Home”. Sua carreira na tela foi lenta para se desenvolver, enquanto sua carreira no teatro estava florescendo. Ele estrelou como o oficial alemão das SS Erik Dorf no Holocausto da minissérie de televisão, que lhe rendeu outro Emmy. Durante a década de 1980, Moriarty estrelou filmes de Larry Cohen como Q, The Stuff, it’s Alive III: Island of the Alive, e um retorno a Salem’s Lot (muito mais tarde, ele apareceu no Masters of Horror de Cohen no episódio “Pick Me Up”), bem como no Pale Rider de Clint Eastwood e no Hanoi Hilton. Em 1986, ele estrelou o filme de fantasia de ficção científica Troll, interpretando o papel de Harry Potter Sr. (sem relação com a série Harry Potter).Em 1989, Moriarty estrelou a produção da HBO Tailspin.: Por trás da tragédia do avião coreano, que dramatizou a queda da União Soviética do voo 007 da Korean Air Lines em 1983. Ele retratou o Major da Força Aérea dos Estados Unidos Hank Daniels, que foi amplamente ignorado (se não ridicularizado) por mostrar como o avião malfadado havia se desviado do curso para o espaço aéreo conhecido pelos soviéticos para ser usado pelos aviões de vigilância eletrônica da Força Aérea dos Estados Unidos enquanto eles se aproximavam do espaço aéreo soviético.
de 1990 a 1994, Moriarty estrelou como Ben Stone na Lei & ordem. Ele deixou o show em 1994, alegando que sua saída foi um resultado de sua ameaça de um processo contra a Então Procuradora-Geral Janet Reno, que citou a lei & ordem como ofensivamente violenta. Moriarty criticou o comentário De Reno, e afirmou que não só ela queria censurar shows como a lei & ordem, mas também como fare como assassinato, ela escreveu. Mais tarde, ele acusou o produtor executivo Dick Wolf de não levar suas preocupações a sério, e afirmou que Wolf e outros executivos da rede estavam “cedendo” às “exigências” de Reno sobre a questão da violência na TV. Em 20 de setembro de 1994, no programa Howard Stern, ele fez uma oferta para a NBC, alegando que ele voltaria a seu papel no programa se Dick Wolf fosse demitido. Moriarty publicou um anúncio de página inteira em uma revista de Hollywood, apelando aos artistas companheiros para enfrentá-lo contra as tentativas de censurar o conteúdo de programas de TV. Ele posteriormente escreveu e publicou o dom dos Anjos Stern, seu relato deste tempo em sua vida. No universo da ordem, o personagem Ben Stone se demite do escritório do Procurador em 1994, depois de uma testemunha em um de seus casos ser assassinada. Em 7 de fevereiro de 2018, episódio da “Law & Order: Special Victims Unit” mostra o personagem de Sam Waterston, Jack McCoy, fazendo um elogio fúnebre no funeral de Stone.
Wolf and others working on Law & Order tell a different story, however. Em 18 de novembro de 1993, Moriarty e Wolf, juntamente com outros executivos da televisão, se reuniram com Reno para dissuadi-la de apoiar qualquer lei que iria censurar o show. O Wolf disse que o Moriarty exagerou em qualquer efeito que a lei pudesse ter no programa. Lei & Ordem produtores afirmam que eles foram obrigados a remover Moriarty da série por causa do “comportamento errático,” um exemplo de que, supostamente aconteceu durante as filmagens do episódio “Criador”, quando, de acordo com o diretor do episódio Arthur Forney, Moriarty foi possível entregar suas linhas, com uma cara séria. As autoridades da série e da rede negam qualquer ligação entre a sua partida e Janet Reno. Wolf também nega que o show se tornou menos violento, gráfico ou controverso desde 1994.Moriarty atuou no último detalhe, Courage Under Fire, junto com uma aranha, Shiloh, Emily of New Moon e James Dean, pelo qual ganhou seu terceiro Emmy. Em 2007, ele estreou seu primeiro longa-metragem como roteirista e realizou o papel de um homem que pensa que ele é Adolf Hitler em Hitler encontra Cristo.