înainte de a câștiga faima în filme, Moriarty a lucrat câțiva ani ca actor la Teatrul Guthrie din Minneapolis. În 1973, Moriarty a fost distribuit ca egocentric Henry Wiggen în Bang Toba încet, opus Robert De Niro, ca un captator lent, care se îmbolnăvește în fază terminală. În același an, Moriarty a jucat într-o adaptare a filmului TV Tennessee Williams’ Menajeria de sticlă cu Katharine Hepburn. Întâmplător, filmul L-a prezentat și pe Sam Waterston, care l-a înlocuit ulterior pe Moriarty în calitate de asistent executiv procuror districtual în drept & ordin. Rolul lui Moriarty în Menajeria de sticlă (ca „Jim”, The Gentleman Caller; Waterston l-a interpretat pe fiul „Tom”) i-a câștigat un premiu Emmy pentru cel mai bun Actor în rol secundar. În 1974, Moriarty a jucat rolul detectivului debutant Bo Lockley în aclamata dramă a poliției raport către Comisar.
Moriarty a câștigat un premiu Tony în 1974 pentru interpretarea sa din piesa Find Your Way Home. Cariera sa pe ecran s-a dezvoltat lent, în timp ce cariera sa de teatru a înflorit. A jucat rolul ofițerului SS german Erik Dorf în miniseria de televiziune Holocaust, care i-a adus un alt Emmy. Prin anii 1980, Moriarty a jucat în astfel de Larry Cohen filme ca Q, the Stuff, it ‘s Alive III: Island of the Alive, și o întoarcere la lotul lui Salem (mult mai târziu, a apărut în Cohen’ s masters of Horror episodul „Pick Me Up”), precum și în Clint Eastwood ‘ s pale Rider și Hanoi Hilton. În 1986, a jucat în filmul fantasy science fiction Troll, jucând rolul lui Harry Potter Sr. (fără legătură cu seria Harry Potter).
în 1989, Moriarty a jucat în producția HBO Tailspin: În spatele tragediei avionului coreean, care a dramatizat doborârea de către Uniunea Sovietică a zborului Korean Air Lines 007 în 1983. El l-a portretizat pe maiorul Forțelor Aeriene Americane Hank Daniels, care a fost în mare parte ignorat (dacă nu chiar ridiculizat) pentru că a arătat cum nefericitul avion de linie s-a abătut de la curs în spațiul aerian cunoscut de sovietici pentru a fi folosit de avioanele de supraveghere electronică ale Forțelor Aeriene ale SUA în timp ce se apropiau de spațiul aerian sovietic.
din 1990 până în 1994, Moriarty a jucat rolul lui Ben Stone Law & Order. El a părăsit spectacolul în 1994, susținând că plecarea sa a fost rezultatul amenințării sale cu un proces împotriva Procurorului General de atunci Janet Reno, care citase Legea & ordin ca ofensiv violent. Moriarty a criticat comentariul lui Reno și a susținut că nu numai că a vrut să cenzureze spectacole precum Legea & ordine, dar și tarif precum crima, a scris ea. Ulterior, el l-a acuzat pe producătorul executiv al Ordinului Law & Dick Wolf că nu și-a luat în serios preocupările și a susținut că Wolf și alți directori de rețea „cedează” „cererilor” lui Reno cu privire la problema violenței TV. La 20 septembrie 1994 în emisiunea Howard Stern, a făcut o ofertă către NBC, susținând că va reveni la rolul său în emisiune dacă Dick Wolf ar fi concediat. Moriarty a publicat o reclamă pe toată pagina într-o revistă comercială de la Hollywood, chemând colegii artiști să se ridice cu el împotriva încercărilor de a cenzura conținutul emisiunii TV. Ulterior a scris și a publicat darul Îngerilor Stern, relatarea sa despre acest timp din viața sa. În Legea fictivă & ordine univers, personajul Ben Stone demisionează din biroul procurorului în 1994 după ce un martor într-unul din cazurile sale este ucis. Episodul din 7 februarie 2018 din Law & ordin: Unitatea specială pentru victime arată personajul lui Sam Waterston, Jack McCoy, oferind un elogiu la înmormântarea lui Stone.
Wolf și alții care lucrează la lege & ordinea spun însă o altă poveste. La 18 noiembrie 1993, Moriarty și Wolf, împreună cu alți directori de televiziune, s-au întâlnit cu Reno pentru a o descuraja să susțină orice lege care ar cenzura emisiunea. Wolf a spus că Moriarty a reacționat exagerat la orice efect pe care legea l-ar putea avea asupra spectacolului. Law & producătorii de comenzi susțin că au fost forțați să-l înlăture pe Moriarty din serie din cauza „comportamentului neregulat”, un exemplu despre care se pare că s-a întâmplat în timpul filmărilor episodului „Breeder” când, potrivit regizorului episodului Arthur Forney, Moriarty nu a putut să-și livreze replicile cu fața dreaptă. Oficialii de serie și de rețea neagă orice legătură între plecarea sa și Janet Reno. Wolf neagă, de asemenea, că spectacolul a devenit mai puțin violent, grafic sau controversat din 1994.
Moriarty a acționat în ultimul detaliu, curaj sub foc, a venit un păianjen, Shiloh, Emily din luna nouă și James Dean, pentru care a câștigat al treilea Emmy. În 2007 a debutat primul său lungmetraj ca scenarist și a interpretat rolul unui om care se crede Adolf Hitler în Hitler Meets Christ.