Depois de servir como o prefeito de Seattle, Ballinger, juntou-se a administração do Presidente Theodore Roosevelt e serviu como comissário Geral do Escritório da Terra a partir de 1907 até 1908. Em 1909, Ballinger ajudou a organizar a exposição Alaska-Yukon-Pacific, uma Feira Mundial para destacar o desenvolvimento no noroeste.
Em 1909, apesar anterior promessas para manter ex-Presidente Roosevelt gabinete oficiais, o recém-eleito Presidente William Howard Taft nomeado Ballinger para substituir conservacionista (e companheiros de Ohioan) James R. Garfield como o dos EUA, o Secretário do Interior. Um de seus primeiros atos foi revogar a proteção executiva de terras potencialmente sujeitas ao desenvolvimento de energia hidrelétrica pendentes levantamentos, restaurando-os ao Domínio público para locação. Os progressistas temiam que os monopólios hidrelétricos pegassem esses locais tanto para controlar ou impedir o desenvolvimento e, em seguida, ditar os preços da energia, uma vez que 13 empresas (incluindo a General Electric e Westinghouse) já controlavam mais de um terço dos recursos hídricos como Roosevelt deixou o escritório. No entanto, essa restauração logo provocou um escândalo. Em agosto, em conjunto com a Conferência Nacional de irrigação em Spokane, Washington, um repórter da United Press publicou uma história sobre 15.868 acres de terra em Montana sendo vendida para grandes corporações (General Electric, Guggenheim e cobre amalgamado). Ballinger inicialmente ignorou a história, em seguida, acusou os repórteres de se oporem ao desenvolvimento no Ocidente. Embora a história da força da água de Montana tenha sido exagerada, as acusações de favoritismo continuaram a dog Ballinger como secretário do Interior.
the most serious charges involved coal development in the Chugach National Forest by a Seattle developer and Ballinger crony, Clarence Cunningham, and financed by a corporation associated with J. P. Morgan and the Guggenheim family of New York City. O grupo tinha apostado 33 reivindicações, embora as leis de terras do Alasca foram projetadas para promover pequenos agricultores e impedir o monopólio e, portanto, exigiu que cada requerente para provar que ele ou ela estava agindo em seu próprio nome, bem como limitou cada requerente a 160 acres. Enquanto land commissioner, Ballinger concedeu ao Desenvolvedor acesso especial aos arquivos do governo. Durante o intervalo de vários meses em 1908 entre seu emprego como comissário de terras e secretário do interior, Ballinger atuou como um agente para o grupo de desenvolvimento Cunningham/Morgan/Guggenheim com o governo federal, pressionando então o Secretário do Interior, Jim Garfield. Ao tornar-se secretário do Interior, Ballinger transferiu o investigador da General Land Office, Louis R. Glavis, e finalmente demitiu-o depois que ele se queixou a Gifford Pinchot (chefe do Departamento Florestal e, portanto, responsável pelo Chugach, embora também subordinado ao Secretário do Interior), Presidente Taft e cooperou com a imprensa.
uma série de artigos, incluindo Glavis’ na edição de novembro do semanário de Collier despertou os conservacionistas. Um artigo em Hampton até acusou o Presidente Taft de fazer parte de uma conspiração que eclodiu na Convenção Republicana de 1908. Ballinger novamente rejeitou a controvérsia e o Presidente Taft parecia querer que a provação terminasse, mantendo que tanto Ballinger quanto Pinchot permaneceram comprometidos com as Políticas de conservação de Roosevelt. Ballinger, no entanto, ameaçou demitir-se, a menos que Taft consentiu uma investigação do congresso para exonera-lo, e, em dezembro, enviou uma carta ao estado de Washington, o senador Republicano John Jones, exigindo uma investigação completa.
Embora mesmo Charles Taft, aconselhou o Presidente a pedir Ballinger demissão, Taft se destacou por sua nomeado, e o procurador-geral George Wickersham mesmo retroativo a 11 de setembro, 1909 um relatório sobre Glavis’ queima. Após um informador de Washington avisar Collier que Ballinger planejava processar sua revista após o planejado “whitewash”, ele contratou Louis D. Brandeis como seu advogado. Pinchot foi a público com suas diferenças com a abordagem de Ballinger e seu escritório entregou outro relatório ao senador Dolliver, presidente republicano da Comissão de Agricultura e florestas. Isso levou Taft a disparar Pinchot também, enquanto Roosevelt estava na África. Durante as audiências do comitê especial, tanto Glavis quanto Pinchot testemunharam, e o testemunho sobre o atraso de um estenógrafo levou Taft a assumir a responsabilidade por ordená-lo, embora esse estenógrafo e outros funcionários também foram demitidos. O questionamento de Brandeis deixou claro o anti-conservacionismo de Ballinger, mas não desenterrou nada tão grave que justificasse acusações criminais. No entanto, a confiança do público na liderança de Ballinger no departamento do Interior tinha diminuído.
depois que o Partido Republicano perdeu fortemente nas eleições intercalares de novembro, Ballinger finalmente renunciou em 12 de Março de 1911. Taft tinha substituído Pinchot com Henry Graves, que estava empenhado em proteger as florestas da América, e Ballinger ajudou Taft para garantir uma nova lei que permitiu Taft para retirar terras públicas de desenvolvimento privado, permitindo-lhes assim a proteger, como muitos acres em um prazo Roosevelt teve em quase dois termos. No entanto, a série de escândalos relacionados com Ballinger, a lealdade de Taft para com o seu nomeado, e a recusa de Ballinger em renunciar por mais de nove meses adicionais-combinado com a controvérsia sobre a tarifa Payne—Aldrich–dividiu o Partido Republicano e ajudou a virar a maré da eleição de 1912 contra Taft.