innan han fick berömmelse i filmer arbetade Moriarty i flera år som skådespelare på Guthrie Theatre i Minneapolis. 1973 spelades Moriarty som den egocentriska Henry Wiggen i Bang The Drum Slowly, mittemot Robert De Niro, som en långsam fångare som blir obotligt sjuk. Samma år spelade Moriarty i en TV-filmanpassning av Tennessee Williams’ The Glass Menagerie med Katharine Hepburn. Tillfälligt presenterade filmen också Sam Waterston, som senare ersatte Moriarty som Executive Assistant District Attorney on Law & Order. Moriartys roll i Glass Menagerie (som ”Jim”, Gentleman Caller; Waterston spelade sonen ”Tom”) vann honom en Emmy Award för Bästa manliga biroll. 1974 spelade Moriarty rollen som rookiedetektiv Bo Lockley i det hyllade polisdrama rapport till kommissionären.
Moriarty vann en Tony Award 1974 för sin prestation i pjäsen hitta vägen hem. Hans karriär på skärmen var långsam att utvecklas medan hans teaterkarriär blomstrade. Han spelade som den tyska SS-officer Erik Dorf i TV-miniserien Holocaust, vilket gav honom en annan Emmy. Under 1980-talet spelade Moriarty i sådana Larry Cohen-filmer som Q, the Stuff, It ’ s Alive III: Island of the Alive, och en återgång till Salems Lot (mycket senare uppträdde han i Cohens Masters of Horror avsnitt ”Pick Me Up”), liksom i Clint Eastwoods Pale Rider och Hanoi Hilton. 1986 spelade han huvudrollen i fantasy science fiction-filmen Troll, som spelade rollen som Harry Potter Sr. (inte relaterad till Harry Potter-serien).
1989 spelade Moriarty i HBO-produktionen Tailspin: Bakom Korean Airliner-tragedin, som dramatiserade Sovjetunionens nedskjutning av Korean Air Lines flight 007 1983. Han porträtterade US Air Force Major Hank Daniels, som till stor del ignorerades (om inte förlöjligades) för att visa hur den olyckliga flyglinjen hade avvikit ur kurs i luftrummet som sovjeterna kände till för att användas av US Air Force elektroniska övervakningsplan när de närmade sig Sovjet luftrum.
från 1990 till 1994 spelade Moriarty som Ben Stone På lag & ordning. Han lämnade showen 1994 och hävdade att hans avgång var ett resultat av hans hotande en rättegång mot dåvarande justitieminister Janet Reno, som hade citerat lag & Order som offensivt våldsam. Moriarty kritiserade Renos kommentar och hävdade att hon inte bara ville censurera program som Law & Order men också sådant pris som Mord, skrev hon. Han anklagade senare Law & Order executive producer Dick Wolf för att inte ta sin oro på allvar och hävdade att Wolf och andra nätverkschefer ”grottade in” till Renos ”krav” i frågan om TV-våld. Den 20 September 1994 på Howard Stern Show, gjorde han ett erbjudande till NBC och hävdade att han skulle återvända till sin roll i showen om Dick Wolf fick sparken. Moriarty publicerade en helsidesannons i en Hollywood-facktidning och uppmanade andra artister att stå upp med honom mot försök att censurera TV-programinnehåll. Därefter skrev och publicerade han gåvan av Stern Angels, hans redogörelse för denna tid i sitt liv. I den fiktiva lagen & Order universe, ben Stone-karaktären avgår från Da: s kontor 1994 efter att ett vittne i ett av hans fall mördats. Den 7 februari 2018, avsnitt av lag & Order: Special Victims Unit visar Sam Waterstons karaktär, Jack McCoy, levererar en lovtal vid Stones begravning.
Wolf och andra som arbetar med lag & Order berättar dock en annan historia. Den 18 November 1993 träffade Moriarty och Wolf tillsammans med andra TV-Chefer Reno för att avskräcka henne från att stödja alla lagar som skulle censurera showen. Wolf sa att Moriarty överreagerade på något sätt lagen sannolikt skulle ha på showen. Lag & Orderproducenter hävdar att de tvingades ta bort Moriarty från serien på grund av ”oregelbundet beteende”, ett exempel som enligt uppgift hände under inspelningen av avsnittet ”uppfödare” när, enligt avsnittets regissör Arthur Forney, Moriarty kunde inte leverera sina linjer med ett rakt ansikte. Serie-och nätverkstjänstemän förnekar någon koppling mellan hans avgång och Janet Reno. Wolf förnekar också att showen har blivit mindre våldsam, grafisk eller kontroversiell sedan 1994.
Moriarty agerade i minsta detalj, mod under eld, tillsammans kom en spindel, Shiloh, Emily of New Moon och James Dean, för vilken han vann sin tredje Emmy. År 2007 debuterade han sin första långfilm som manusförfattare och utförde rollen som en man som tror att han är Adolf Hitler i Hitler möter Kristus.