efter att ha tjänstgjort som borgmästare i Seattle gick Ballinger med i administrationen av President Theodore Roosevelt och fungerade som kommissionär för General Land Office från 1907 till 1908. 1909 hjälpte Ballinger till att organisera Alaska-Yukon-Pacific Exposition, en världsmässa för att lyfta fram utvecklingen i nordväst.
1909 trots tidigare löften om att behålla före detta president Roosevelts kabinett officerare, nyvald President William Howard Taft utnämnde Ballinger att ersätta naturvårdare (och kollega Ohioan) James R. Garfield som USA: s inrikesminister. En av hans första handlingar var att återkalla verkställande skydd av mark som potentiellt är föremål för utveckling av vattenkraft i avvaktan på undersökningar och återställa dem till det offentliga området för leasing. Progressiva fruktade att vattenkraftmonopol skulle ta tag i sådana platser antingen för att kontrollera eller utesluta utveckling och skulle då diktera energipriser, eftersom 13 företag (inklusive General Electric och Westinghouse) redan kontrollerade mer än en tredjedel av vattenkraftresurserna när Roosevelt lämnade kontoret. Men den restaureringen väckte snart en skandal. I Augusti, i samband med National Irrigation Conference i Spokane, Washington, publicerade en United Press reporter en berättelse om 15 868 hektar mark i Montana som såldes till stora företag (General Electric, Guggenheim och Amalgamated Copper). Ballinger ignorerade först historien och anklagade sedan reportrar för att motsätta sig utvecklingen i väst. Även om Montana waterpower-historien visade sig vara överblåst, fortsatte anklagelser om favorisering att hund Ballinger som inrikesminister.
de allvarligaste anklagelserna involverade kolutveckling i Chugach National Forest av en Seattle-utvecklare och Ballinger crony, Clarence Cunningham, och finansierades av ett företag associerat med JP Morgan och Guggenheim-familjen i New York City. Gruppen hade satsat 33 anspråk, även om Alaskas landlagar var utformade för att främja småbönder och förhindra monopol och krävde därmed att varje sökande skulle bevisa att han eller hon agerade för egen räkning, samt begränsade varje sökande till 160 tunnland. Medan landkommissionär, Ballinger beviljade utvecklaren särskild tillgång till statliga filer. Under klyftan på flera månader 1908 mellan hans anställning som markkommissionär och inrikesminister agerade Ballinger som agent för utvecklingsgruppen Cunningham/Morgan/Guggenheim med den federala regeringen och lobbade då inrikesminister Jim Garfield. Efter att ha blivit inrikesminister, Ballinger omfördelade General Land Office utredare Louis R. Glavis, och slutligen avskedade honom efter att han klagade till Gifford Pinchot (chef för Skogsbruksbyrån och därmed ansvarig för Chugach, även om den också var underordnad Inrikessekreteraren), President Taft och samarbetade med pressen.
en serie muckraking-artiklar, inklusive Glavis’ i novembernumret av Collier ’ s Weekly väckte naturvårdarna. En artikel i Hamptons till och med anklagade President Taft för att vara en del av en konspiration som kläcktes vid 1908 republikanska konventet. Ballinger avfärdade återigen kontroversen och President Taft tycktes vilja att prövningen skulle upphöra och hävdade att både Ballinger och Pinchot förblev engagerade i Roosevelts bevarandepolitik. Ballinger hotade dock att avgå om inte Taft samtyckte till en kongressutredning för att befria honom och skickade i December ett brev till Washington-Statens republikanska senator Wesley Jones som krävde en fullständig utredning.
även om till och med Charles Taft rådde presidenten att be om Ballingers avgång, stod Taft vid sin utnämnde och justitieminister George Wickersham till och med tillbaka till 11 September 1909 en rapport om Glavis skjutning. Efter att en insider i Washington varnade Collier för att Ballinger planerade att stämma sin tidning efter den planerade ”whitewash”, anställde den Louis D. Brandeis som sitt råd. Pinchot gick offentligt med sina skillnader med Ballingers tillvägagångssätt och hans kontor levererade en annan rapport till senatorn Dolliver, republikansk ordförande för utskottet för jordbruk och skogsbruk. Detta fick Taft att skjuta Pinchot också, medan Roosevelt var i Afrika. Under specialutskottets utfrågningar vittnade både Glavis och Pinchot, och vittnesmål om en stenografs backdating fick Taft att ta ansvar för att beställa det, även om stenografen och andra anställda också avskedades. Brandeis ifrågasättande gjorde Ballingers Anti-conservationism tydlig, men avslöjade inte något så allvarligt att det berättigar straffrättsliga anklagelser. Ändå hade allmänhetens förtroende för Ballingers ledning av inrikesdepartementet minskat.
efter det Republikanska partiet förlorade kraftigt i halvtidsvalet den November avgick Ballinger slutligen den 12 mars 1911. Taft hade ersatt Pinchot med Henry Graves, som var engagerad i att skydda amerikanska skogar, och Ballinger hjälpte Taft att säkra en ny lag som gjorde det möjligt för Taft att dra tillbaka offentliga länder från privat utveckling, vilket gjorde det möjligt för dem att skydda så många tunnland på en term som Roosevelt hade i nästan två termer. Serien av Ballinger-relaterade skandaler, Tafts lojalitet mot hans utmanade utnämnare och Ballingers vägran att avgå i mer än nio ytterligare månader—i kombination med kontroverser över Payne–Aldrich—tariffen-delade det Republikanska partiet och hjälpte till att vända tidvattnet i valet 1912 mot Taft.