sejttípusok azonosítása komodói sárkányvérben
vérmintát vettek egy Tujah nevű komodói sárkánytól a Saint Augustine Alligator Farm Zoological Parkban az előírt biztonsági és szabályozási eljárásoknak megfelelően, valamint megfelelő jóváhagyásokkal. A gyűjtés idején érdekeltek voltunk mind a genomi DNS szekvenálásához, mind az mRNS-hez, hogy cDNS könyvtárat hozzunk létre proteomikus vizsgálataink megkönnyítése érdekében. Madarakban a heterofilekről (fehérvérsejtek) ismert, hogy több antimikrobiális peptidet expresszálnak . A csirke heterofilekből azonosított antimikrobiális peptidek jelentős antimikrobiális és gazdaszervezet által irányított immunmoduláló aktivitást mutatnak . Ennek megfelelően, miután megkaptuk a friss komodói sárkányvér kezdeti mintáját, hagytuk, hogy a fehérvérsejtek leülepedjenek a vérből, és összegyűjtöttük őket, mert valószínűleg részt vettek az antimikrobiális peptid expresszióban. Az összegyűjtött komodói sárkány fehérvérsejteket ezután egyenletesen osztották fel, a felét feldolgozták a genomi DNS izolálására a szekvenálás és a könyvtári generáció előkészítése céljából, a másik felét pedig az mRNS extrakcióra fenntartották proteomikai vizsgálataink számára.
ezután keneteket végeztünk, és azonosítottuk a megfigyelt különböző sejttípusokat. Az immunsejtek azonosítása a Komodo sárkányvérben kihívást jelent a korlátozott publikált irodalom miatt. A Wright-foltos vérkenetekben megfigyelt különféle sejttípusokat az ábra mutatja. 2. Ezeket a sejteket az amerikai aligátor vérében korábban azonosított immunsejtekkel való hasonlóság alapján azonosítottuk . Érdekesek voltak ennek a hüllőnek a nagy és hosszúkás magozott vörösvérsejtjei. Ezenkívül képesek voltunk azonosítani a heterofileket (hasonlóan a granulocitákhoz), a katelicidin peptidek valószínű forrását, valamint a monocita és limfocita sejteket.
Komodo sárkány vörös vérsejtek és immunsejtek. A Komodo dragon vérsejtjeit Wright stain vizualizálta és 40x-en ábrázolta. a Sejttípusokat a következőképpen azonosítják: A. nukleált vörösvérsejt, B. monocita, C. limfocita és D. heterophil
a komodói sárkányvér második mintáját később összegyűjtötték és feldolgozták genomi DNS-extrakció céljából a Dovetail Genomics segítségével további szekvenálás céljából. A Dovetail Genomics kutatói nem különítették el a fehérvérsejteket, hanem közvetlenül a teljes vérből pelletált sejtekből vonták ki a DNS-t.
a komodói sárkánygenom összeállítása és kommentárja
a komodói sárkány eritrocitáinak áramlási citometriával végzett korábbi elemzései a genom méretét körülbelül 1,93 Gb-ra becsülték . A mély Illumina szekvenálás és a fecskefarkú megközelítések segítségével 1,60 Gb nagyságú Genom-összeállítást kaptunk, hasonlóan az A. carolinensis lizard genomjának genomméretéhez, amely 1,78 Gb . A tervezet szerelvény tartalmaz 67.605 állványok N50 a 23.2 Mb (1. táblázat). Összesen 17 213 gént jósoltak meg, és 16 757-et (97,35%) kommentáltak. A teljességre vonatkozó becslések a CEGMA esetében 56% (teljes) és 94% (részleges) volt. A genomban az ismétlődések becsült aránya 35,05%, többségük vonalak (38,4%) és szinuszok (5,56%) (további fájl 1: ábra. S1 & 2. Kiegészítő fájl: S1 táblázat). A genomikai adatok az NCBI-nél elérhetők lesznek nyers szekvenálási leolvasásokkal, amelyeket a Sequence Read Archive (#SRP161190), valamint a genom összeállítás a ddbj/ENA/GenBank a csatlakozás alatt #VEXN00000000. Az ebben a cikkben leírt összeszerelési változat VEXN01000000.
a potenciális veleszületett immunitás és az antimikrobiális peptid gének azonosítása
a hüllők veleszületett immunitása evolúciós sikerük kritikus aspektusa, de ezeknél az állatoknál továbbra is kevéssé ismert. A veleszületett immunitás az immunitás azon aspektusai, amelyek nem antitestek és nem T-sejtek. A behatoló kórokozókra adott veleszületett immunválaszok közé tartozhat a citokinek expressziója; a makrofágok, leukociták és más fehérvérsejtek aktiválása és toborzása; valamint az antimikrobiális peptidek, például a defenzinek és a katelicidinek expressziója .
ebben a munkában genomikai alapú megközelítést alkalmaztunk a veleszületett immunitási gének azonosítására a komodói sárkány genomjában. Szekvenáltuk a Komodo genomot, és megvizsgáltuk a géneket és a fontos veleszületett immunitású antimikrobiális peptidgének csoportjait (ons-defensins, ovodefensins és cathelicidins), amelyek valószínűleg részt vesznek a veleszületett immunitás kifejeződésében ebben az óriási gyíkban.
a defenzin és a kapcsolódó gének a Komodo genomjában
a Defenzinek a diszulfid-stabilizált antimikrobiális peptidek egyik példája, ahol a delulfid-stabilizált, kationos antimikrobiális peptidek egyedülállóan gerinces családja, amely részt vesz a mikrobiális kolonizációval szembeni rezisztenciában az epitheliális felületeken . A 6-defenzin peptideket egy jellegzetes hat-cisztein motívum határozza meg, konzervált cisztein maradék távolsággal (C–X6–C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6–CC) és a kapcsolódó diszulfidkötési mintázattal (Cys1-Cys5, Cys2-Cys4 és Cys3-Cys6); azonban a cisztein maradványok számában és távolságában eltéréseket figyeltek meg. Mint más kationos antimikrobiális peptideknél, a kb-defenzinek általában nettó pozitív (kationos, bázikus) töltést mutatnak.
az egyik első átfogó jelentés a hüllőkben a inhibitor-defenzin peptid expresszió in vivo szerepéről a sebesült anole gyíkokban (Anolis carolinensis) indukálható expressziója . Úgy tűnik, hogy a hüllő neutrofilek olyan granulátumokkal rendelkeznek, amelyek mind katelicidin-szerű peptideket, mind pedig decidin-defenzin peptideket tartalmaznak. a hüllőtojásokban is megtalálhatók a defenzin-szerű peptidek . Köztudott, hogy egyes gyíkfajok elveszíthetik a farkukat a ragadozó menekülésének módszereként, majd ezek a farok gyulladás vagy fertőzés nélkül regenerálódnak a seb helyéről. a DNS-defenzin peptidek expresszálódnak mind a sebágyban lévő azurofil granulocitákban, mind a kapcsolódó epitheliumban, és megfigyelhetők a lebomlott baktériumokat tartalmazó fagoszómákban. A sebben egyértelműen hiányzik a gyulladás, ami a regenerációval jár, és különösen két, a gyógyító szövetekben magas szinten expresszálódik, úgy tűnik, hogy az anole gyík sebgyógyulásában és regenerációjában jelentős szerepe van az A-nak .
a defenzin gének általában a gerincesek genomjában található klaszterekben találhatók . Az emberekben öt klaszterben 33-at azonosítottak-a defenzin géneket. A közelmúltban számos madárfaj, köztük a kacsa, a zebra pinty és a csirke genomjának elemzése kimutatta, hogy mindegyik faj genomja tartalmaz egy-egy delfinhalmazt. Az anole lizardban (Prickett, M. D., unpublished work in progress) nemrég azonosítottak egy D)-defenzin-szerű géncsoportot, amely szorosan kapcsolódik a Komodo sárkányhoz . Érdekes, hogy a katepszin B gént (CTSB) erős markerként azonosították az emberekben, egerekben és csirkékben előforduló inhibitorok-defenzin klaszterek esetében . Így megvizsgáltuk a katepszin B gén (CTSB) Komodo genomját, mint potenciális markeretként, amely elősegíti a benne lévő inhibitor-defenzin klaszter(ek) azonosítását.
ezekkel az elemzésekkel összesen 66 potenciális főgént azonosítottunk a komodói sárkány genomjában, amelyek közül 18 fő feltételezhetően komodói sárkány-specifikus főgén (2.táblázat). A Komodo dragon genomjából azonosított ~ defenzin gének eltéréseket mutatnak a cisztein távolságában, a génméretben, a ~ ~ defenzin domént alkotó ciszteinmaradványok számában, valamint a ~ ~ defenzin domének számában. A konzervált cisztein maradéktávolság tekintetében, különösen a végén (C–X6–C–X (3-5)–C–X (8-10)–C–X6–CC), jelentős változékonyságot találtunk a komodói sárkány genomjában található 6-defenzin gének elemzésében, abban az értelemben, hogy öt komodói sárkánynak a ~ -defenzin génjei hét helyen helyezkednek el az utolsó cisztein között, 16-nak hat maradéka van az utolsó cisztein között, 42-nek öt maradéka van az utolsó cisztein között, és három komodói sárkánynak a A gének összetettebb cisztein-szermaradék-térköz mintákat mutatnak (2.táblázat).
a madarakhoz és más hüllőkhöz hasonlóan úgy tűnik, hogy a komodói sárkány defenzin génjeinek többsége két különálló klaszterben található ugyanazon szinténikus blokkon belül (ábra. 3). Az egyik klaszter egy 6.tagú (XKR6), a másik végén pedig a myotubularinnal rokon 9. fehérje (MTMR9) génje által határolt, egyik végén az XK, a kell vércsoport komplex alegységgel összefüggő család génje. A intercluster régióban körülbelül 400,000 bp tartalmazza a gének a Családi szekvencia hasonlóság, 167, tagja EGY (FAM167A); BLK proto-onkogén, Src családi tirozin kináz (BLK); Farnesyl-difoszfát farnesyl transzferáz 1 (FDFT1); valamint CTSB (cathepsin B), amely egy kísérő gén a β-defensin klaszter (Fig. 3). A madaraknál, teknősöknél és krokodiloknál a decibel-defenzin klaszter másik végét a Transzlokációhoz kapcsolódó membránfehérje 2 (TRAM2) génje követi. Ahogy az összes többi vizsgált squamate (gyíkok és kígyók) Genom esetében is, a mellékgént a végéhez nem lehet véglegesen meghatározni, mivel jelenleg nem állnak rendelkezésre ép klaszterekkel rendelkező squamate genomok.
a defenzin géncsaládok csoportjai. Az azonosított komodói sárkány defenzin és ovodefenzin gének állványhelyei, kiemelve a komodói sárkány genomjában található defenzin és ovodefenzin klasztereket
a klaszter végét vagy az XPO1, vagy a TRAM2 szegélyezheti, vagy egyik sem. A 45-ös állványon a TRAM2-vel (VkBD80a, VkBD80b) talált három gén közül kettő közel azonos, és potenciálisan egy összeszerelési tárgy eredménye. A gének a madár -, teknősbéka-és krokodil-delfinhalmazok végső génjének ortológusai. Ennek a génnek az Anol-ortológusa izolált, és nem kapcsolódik a TRAM2-hez, az XPO1-hez,sem más, az Anol-TRAM2 közelében található, és nem található meg az Anol-defenzin. Az XPO1-hez társított hét gén közül kettőnek van ortológusa az xpo1-hez társított öt Anol gén egyikével, de egyik fajban sem határozható meg, ha ezek a többi rész részét képezik. A kígyó ortológusok a TRAM2-hez kapcsolódnak, de nem részei a klaszternek.
szerkezeti sokféleség
a sokféleség a szerkezet változásaiban figyelhető meg a DGD-defenzin domén. Jellemzően egy decidin-defenzin 2-3 exonból áll: egy szignálpeptidből, egy propiece-vel rendelkező exonból és egy hat ciszteinnel rendelkező decidin-defenzin doménből, és néhány esetben egy rövid harmadik exonból. A vizsgált (nem publikált) hüllőfajok mindegyikében eltérések tapasztalhatók a vizsgált (nem publikált) kontinensek számában, az exonméretben, az exonszámban, a ciszteinek atipikus távolságában és/vagy a ciszteinek számában. Három fő defenzin domén (vkbd7, VkBD34 és VkBD43) és egy három defenzin domén (VkBD39) van. A komodói sárkánynak a vkbd12, VkBD13 és VkBD14-defenzin génjei és az anolokban lévő ortológusaik atipikusan nagy exonokkal rendelkeznek. A vkbd16 és a vkbd21 közötti DGC csoport atipikusan nagy exonokkal is rendelkezik. A ciszteinmaradványok közötti atipikus távolság három főben található: a vkbd20 (1-3-9-7), a VkBD57 (3-4-8-5) és a VkBD79 (3-10-16-6). Négy fő van-defenzin további ciszteinmaradványokkal a ~ – defenzin doménben: VkBD6 10 cisztein-maradékkal, valamint egy három főből álló csoport (vkbd16, VkBD17 és vkbd18) nyolc cisztein-maradékkal.
a vkbd7 két, a Vkbd8 egy, a Squamata más fajainak ortológusaival rendelkező, egydeklin-defenzin doménje homológ. Az anole lizard A. carolinensis-ben két ortológus van, az LzBD6-ban egy, a nem cluster LzBD82-ben pedig két, a dzbd82-ben két, a dzbd8. A kígyók ortológusai (SnBD5 és SnBD6) egy-egy-defenzin doménnel rendelkeznek. A VkBD34 az Anolokban az LzBD39, a kígyókban az SnBD15 ortológusa. A VkBD39 és a VkBD43 három, illetve két homológ, az LzBD52, az LzBD53 és az LzBD55 harmadik exonjaival homológ, amelyek mindegyike két nem homológ, az lzbd5d doménnel rendelkezik. A vkbd40, amelynek egyetlen egydefenzin doménje van, homológ az LzBD52, LzBD53, LzBD54 (egydefenzin doménnel) és az LzBD55 második exonjaival.
a ciszteinek számának növekedése a ~ -defenzin doménben további diszulfidhidak kialakulását eredményezi. Ennek a variációnak a példái megtalálhatók a psittacine (psittaciforme AvBD12)-defenzin, psittaciforme (psittaciforme Avbd) – ben . Úgy tűnik, hogy a vkbd6 6-defenzin-doménje 10 ciszteinből áll, amelyek közül négy egy kiterjesztés része egy tipikus után 6-C-defenzin domén egy további párosított ciszteinnel (C-X6-C-X4-C-X9-C-X6-CC-X7-C-X7-CC-X5-C). A Komodo-csoport (vkbd16, VkBD17 és VkBD18) amellett, hogy atipikus cisztein-távolsággal rendelkezik, tipikus számú szermaradékon belül nyolc ciszteinnel is rendelkezik. A csoport után a vkbd19, a három gén paralógja; azonban, a 6-defenzin domén tartalmazza a tipikusabb hat cisztein maradékot.
ezeknek a Komodo-decisin-defenzin géneknek a génszerkezetét alátámasztó bizonyítékokkal kell megerősíteni. Az anole gyíkokban számos atipikus szerkezeti elem található, beleértve további nem-decidin-defenzin domén exonokat vagy nagyobb exonokat.
az újonnan azonosított Komodo dragon által kódolt peptidszekvenciák elemzéséből kiderült, hogy többségük (53 A 66-ból) várhatóan nettó pozitív töltéssel rendelkezik fiziológiai körülmények között, amint ez az antimikrobiális peptid ezen osztályára jellemző (3.táblázat). Figyelemre méltó azonban, hogy az előrejelzések szerint négy peptid (VkBD10, VkBD28, VkBD30 és VkBD34) gyengén kationos vagy semleges (+ 0,5–0) pH 7-nél, míg kilenc peptid (vkbd3, VkBD4, VkBD11, VkBD19, VkBD23, VkBD26, VkBD35, VkBD36 és VkBD37) gyengén vagy erősen anionos. Ezek a megállapítások arra utalnak, hogy míg ezek a peptidek kanonikus (kanonikus) ~ defenzin szerkezeti jellemzőket mutatnak, és a (Z) ~ ~ defenzin géncsoportokban helyezkednek el, egy vagy több ilyen gén nem kódolható A (Z) ~ ~ defenzin-szerű peptidekre vagy kanonikus ~ ~ defenzin-defenzinekre, mivel a (Z) ~ ~ defenzinek jellemzően kationosak, és pozitív töltésük hozzájárul az antimikrobiális aktivitáshoz.
a komodói sárkány ovodefenzin génjeinek azonosítása
az Ovodefenzin géneket több madár – és hüllőfajban találták, kifejeződésük a tojásfehérjében és más szövetekben található. Az ovodefenzinek, köztük a gallin csirkepeptid (Gallus gallus OvoDA1) antimikrobiális aktivitást mutattak a Gram-negatív E. coli és a Gram-pozitív S. aureus ellen. A feltételezett ~ ovodefenzinek egy klaszterben találhatók ugyanabban a szintenikus blokkban, mint a madarak és hüllők esetében a ~ ~ defenzin klaszter. Az A. carolinensis-ben 19 (nyolc) cisztein-defenzin doménnel rendelkező) és öt (négy) cisztein-defenzin doménnel rendelkező kígyót találtak (Prickett, M. D., még nem publikált munka). A komodói sárkányhalmaz hat főből áll (4.és 5. táblázat). Ezek közül kettő lehet Komodo sárkány specifikus; VkOVOD1, amely a SnOVOD1 pseudois ortológusa, a teknősökben és krokodilokban előforduló első ons-ovodefenzin mellett. A vkovod3, VkOVOD4 és VkOVOD6 defenzin domének nyolc ciszteinből állnak, melyek a SnOVOD2, SnOVOD3 és SnOVOD5 ortológusai. A VkOVOD4 és a VkOVOD6 az LzOVOD14 ortológusai.
a Komodo sárkány cathelicidin gének azonosítása
a Katelcidin peptid géneket nemrégiben azonosították hüllőkben genomikai megközelítésekkel . Számos katelicidin peptid gént azonosítottak madarakban, kígyókban és az Anol gyíkban . Funkcionális katelicidin antimikrobiális peptidek felszabadulását figyelték meg csirke heterofilekből, ami arra utal, hogy a hüllő heterofilek is lehetnek ezeknek a peptideknek a forrása . Alibardi et al. azonosították az Anol gyíkszövetekben expresszált katelicidin peptideket, beleértve a heterofileket is . Úgy gondolják, hogy a katelicidin antimikrobiális peptidek kulcsszerepet játszanak más állatok veleszületett immunitásában, ezért valószínűleg a komodói sárkányban is ezt a szerepet töltik be.
Anol gyíkokban a 4 génből álló cathelicidin géncsoport a következőképpen szerveződik: < FASTK>cathelicidin klaszter <KLHL18>. Hasonló katelicidin klasztert kerestünk a komodói sárkány genomjában. A Komodo sárkány genomjának katelicidin-szerű gének keresése három génből álló klasztert tárt fel, amelyek “Katelin-szerű doménnel” rendelkeznek, ami a cathelicidin gén első követelménye, amely a safold 84 egyik végén található. Azonban a 84-es állvány ezen régiójának összeszerelési problémái vannak a résekkel, az izolált exonokkal és a duplikációkkal. Az azonosított Komodo sárkány cathelicidin géneket Anol ortológusaikról nevezték el. A komodói sárkány cathelicidinek közül kettő (Cathelicidin2 és Cathelicidin4.1) olyan szekciókban van, ahol nincs összeszerelési probléma. Ezzel szemben a Cathlicidin4.2-t az 1-3 exonok és egy rosszul elhelyezett 4.exon változatos halmazával hozták létre, hogy egy teljes gént hozzanak létre, amely párhuzamos a Cathelicidin4.1-vel. Mivel a klaszter az állvány egyik végén található, további azonosítatlan katelicidinek lehetnek, amelyeket ebben a szerelvényben nem rögzítenek.
a katelicidin antimikrobiális peptid génszekvenciák közös jellemzője, hogy az N-terminális Katelin-domén legalább 4 ciszteinre kódol. Az alligátor – és kígyókatelicidinekkel végzett vizsgálatunkban azt is megjegyeztük, hogy jellemzően az utolsó cisztein után A VRR-ből vagy hasonló szekvenciából álló három maradék minta közvetlenül megelőzi az előre jelzett C-terminális kationos antimikrobiális peptidet . A katelicidin antimikrobiális peptid génszekvencia további követelménye, hogy nettó pozitív töltésű peptidet kódol a C-terminális régióban, jellemzően a negyedik exon kódolja, és jellemzően körülbelül 35 aa hosszúságú (25-37 tartomány) . Mivel a funkcionális antimikrobiális peptidek hasításáért és felszabadulásáért felelős, természetesen előforduló proteáz nem ismert,a hasítás pontos helyének előrejelzése nehéz. Amint az a 6. táblázatban látható, felsoroljuk az azonosított Komodo sárkány katelicidin génjelöltek mindegyikének előre jelzett aminosav-szekvenciáit. Az egyes szekvenciák elemzését elvégezve előrejelzéseket és következtetéseket tettünk arról, hogy az egyes potenciális katelicidin gének kódolhatnak-e antimikrobiális peptidet.
látható, hogy a Cathelicidin2_VARKO (VK-CATH2) előre jelzett N-terminális fehérje szekvenciája négy ciszteint tartalmaz (aláhúzva, 6.táblázat). Azonban nincs nyilvánvaló ” VRR ” vagy hasonló szekvencia a ~ 10 aminosavban az utolsó cisztein maradék után, amint azt az alligator és a kapcsolódó katelicidin szekvenciákban láttuk . Ezenkívül a 35 C-terminális aminosav elemzése egy előre jelzett peptidszekvenciát tár fel, amelynek nincs nettó pozitív töltése. Ezen okok miatt azt jósoljuk, hogy a Cathelicidin2_VARKO génszekvencia nem kódol egy aktív cathelicidin antimikrobiális peptidet a C-terminálisán (7.táblázat).
az azonosított Cathelicidin4. 1_varko gén esetében az előre jelzett Katelin-domén tartalmazza a szükséges négy ciszteinmaradékot (6 .táblázat), és a “VTR” szekvencia az utolsó cisztein 10 aminosavában van jelen, hasonlóan az alligátor cathelicidin gén “VRR” szekvenciájához. A “VTR” szekvenciát követő 33-aa C-terminális peptid fiziológiás pH-n nettó + 12 töltéssel rendelkezik, és a szekvencia nagy része spirális , ami összhangban van a katelicidinekkel. Az ismert katelicidinek többsége jelentős spirális szerkezetű szegmenseket tartalmaz . Végül a szekvencia elemzése az antimikrobiális peptid adatbázis felhasználásával azt jelzi, hogy a peptid potenciálisan kationos antimikrobiális peptid . Ezért azt jósoljuk, hogy ez a gén valószínűleg egy aktív katelicidin antimikrobiális peptidet kódol, az úgynevezett VK-CATH4.1 (7.táblázat).
ezenkívül ez a peptid némi homológiát mutat más ismert antimikrobiális peptidekkel az antimikrobiális peptid adatbázisban (8.táblázat). Különösen nagyfokú szekvenciahasonlóságot mutat a squamátokból azonosított katelicidin-peptidekkel, a 8.táblázatban szereplő példákkal. Így az előre jelzett VK-CATH4.1 peptidnek számos jellemzője van a katelicidin peptidnek, és erős jelölt a további vizsgálatokhoz. A 8. táblázat mutatja A Vk_cath4.1 összehangolását az ismert peptidekkel az antimikrobiális peptid adatbázisban .
az azonosított Cathelicidin4. 2_varko gén esetében az előre jelzett Katelin domén tartalmazza a szükséges négy ciszteinmaradékot (6.táblázat). Amint azt a Cathelicidin4.1_varko génben megjegyeztük, a “VTR” szekvencia a negyedik cisztein maradék 10 aminosavában van jelen, és közvetlenül megelőzi a C-terminális szegmenst, amely egy 30-aa peptidet kódol, amely várhatóan antimikrobiális . A C-terminális peptid aminosav-szekvenciája az előrejelzések szerint nettó + 10 töltéssel rendelkezik fiziológiai pH-n, és az antimikrobiális peptid adatbázis más ismert antimikrobiális peptidjeivel eltérő homológiát mutat . Így a VK-CATH4.1-hez hasonlóan ez a jelölt peptid a katelicidin-peptidekkel kapcsolatos számos jellemző tulajdonságot is mutat, és második erős jelölt a további vizsgálatokhoz. A 8. táblázat bemutatja a Vk-CATH4.2 homológiáját és összehangolását az antimikrobiális peptid adatbázis ismert peptidjeivel. Végül a VK-CATH4.2 funkcionális peptidet kódoló génszekvencia megtalálható a 4.exonon, amely az aktív katelicidin peptid tipikus helye. Ez az exon az LDRVTRRRWRFFQKAKRFVKRHGVSIAVGAYRIIG peptidszekvenciát kódolja.
az előre jelzett VK-CATH4.2 peptid nagymértékben homológ más előre jelzett cathelicidin gének peptidjeivel, hasonló előre jelzett C-terminális peptidekkel az A. carolinensis, a G. japonicus és a P. bivittatus (8.táblázat). A VK-CATH4 2-27 maradéka.Az 2 65%-ban azonos és 80%-ban hasonló az Anol Katelicidin-2-hez, mint az előre jelzett C-terminális peptid (XP_008116755.1, aa 130-155). A VK-CATH4. 2 2-30 maradékai 66% – ban azonosak és 82%-ban hasonlóak a gekkó-Katelicidinnel összefüggő előrejelzett C-terminális peptidhez (XP_015277841.1, aa 129-151). Végül a VK-CATH4. 2 aa 2-24 57% – ban azonos és 73%-ban hasonló a Katelicidinnel rokon OH-KATH-szerű előrejelzett C-terminális peptidhez (XP_007445036.1, aa 129-151).