宗教改革の期間中、パウロ三世はプロテスタントに対応して積極的な改革措置を取った最初の人となった。 彼の改革は、主にプロテスタント神学への教義的反応をもたらすことによって、その後何世紀にもわたってローマ-カトリックを形作るのに役立つ。 1468年2月28日にアレッサンドロ・ファルネーゼ（英語版）として生まれた彼の家族はイタリアの政治界で著名であり、ローマ、フィレンツェ、ピサで人文主義教育を受けていた。 フィレンツェにいる間、彼は著名なメディチ家長、ロレンツォ壮大な、二つの将来のメディチ教皇（レオXとパウロ自身の前任者、クレメントVII）と一緒に 1492年にローマ教皇アレクサンデル6世の下でローマ教会の財務官として教会に入り、1493年に枢機卿の執事となった。 ローマ教皇ユリウス2世は1509年にパウル司教をパルマ司教に任命した。 彼は1519年まで叙階を受けなかったが、ローマで奉仕している間に多くの恩恵を受けた。 若いルネサンスの聖職者は、自分自身のために愛人を取り、彼女と三人の息子を持って、特に自堕落な生活を送った。
パウロの人生は1513年頃に顕著な変化を遂げました。 すでにパルマの司教を務めていた彼は、彼の総督、Bartolomeo Guidiccioniの影響を受けました。 これは、将来の教皇が彼の愛人との関係を断ち切り、彼のパルマ教区の改革に自分自身をコミットすることにつながりました。 彼は第五ラテラン評議会（1512年-17年）で定められた限られた改革法令を制定し始めた。 彼は1519年にパルマの改革を管理し、そこで改革会議を組織した。 パウロは1516年に教区の訪問を引き受けた。 1519年に叙階されるまでに、彼はローマ-キュリアの改革翼の主要なメンバーとして浮上していた。 教皇の前任者であるハドリアヌス6世が1523年に死去したとき、パウロはティアラの候補者であったが、50日間のコンクラーヴェの間にクレメント7世に争われた選挙に敗れた。 改革派枢機卿は敗北によって屈辱を受け、クレメントはその後、次の十一年間、キュリアで彼の声を疎外した。 しかし、彼が死んだとき、パウロはキュリアの最も古いメンバーであり、彼は長い約束された評議会とそれに関連する教会の改革をもたらすことを助
教皇として、パウロはルネサンス時代のイタリアの教皇の間で共通の縁故主義と改革への彼の新たなコミットメントをバランスさせました。 彼は悪名高いローマのキュリアの重要な位置に二人の十代の孫を任命しました。 彼はまた、教皇の州内のファルネーゼ家の経済的および政治的利益を促進しようとし、最終的にはパルマとピアチェンツァを息子のピエールイジに譲ることになった。 ルネサンス芸術のパトロンとして、彼は彼の十六世紀の前任者のプロジェクトを続けました。 彼はミケランジェロのシスティーナ礼拝堂での最後の審判の完成を支援し、聖ペテロの仕事を再開し、カール5世の1527年の都市の略奪の間に行われた損傷を修復するためにローマの都市修復を推進した。 彼はまた、バチカン図書館を人文主義者と将来の教皇マルチェッロ-チェルビーニの支配下に置いた。
それにもかかわらず、パウロは改革の意図に忠実であり続けました。 彼は彼の選挙で必要な評議会を招集する計画を発表した。 彼の教皇の初期の年に、彼は教会を改革することを約束した教会で枢機卿の大学を埋めるようになりました。 彼らには、後にヘンリー八世によって処刑されるジョン-フィッシャー、ジャン-ピエトロ-カラファ、将来のポール四世、著名な改革者ガスパロ-コンタリーニ、ジャコボ-サドレート、別の有名なヒューマニストが含まれていた。; これらの枢機卿のいくつかは、パウロが約束された評議会のための提案をするために1536年に任命された改革委員会を主導しました。 彼らは1537年のConsilium de emendenda ecclesiaを制作し、制限されていない教皇の権威に起因する教会の虐待の広範な改革を提案しました。 この文書は広く漏洩し、ルターから批判的な反応を受け、最終的には実践されなかったが、トレントの懲戒改革の多くに影響を与えた。 彼の教皇の間に、教皇はプロテスタントの流れを止め、カトリックの教えを守るためのいくつかの努力を監督しました。 これには1542年のローマ異端審問会の組織が含まれており、これは主に教皇領でのプロテスタントの教えの疑いを対象としており、1540年のイエズス会の承認など、改革の原因をさらに進める多くの新しい宗教秩序の開始が含まれていた。 彼はまた、最終的に1538年にヘンリー八世の破門を確認し、クレメントは1534年に発音していたが、その後中断されていた。
パウロは1537年に最初にマントヴァのために評議会を招集し、その後1538年にヴィチェンツァのために評議会を招集していたが、帝国とフランスの間の政治的緊張と宗教論争を解決するための外交的努力により、評議会が招集されることはなかった。 しかし、1544年のフランスとシャルル5世の間のクレピの講和は、最終的に1545年12月13日にトレント公会議の開会のための道を開いた。 チャールズは、規律と改革の問題のみに対処するために評議会を促していたが、パウロはプロテスタントに対して取られる教義上の措置を押した。 1545年から1547年の大統領会議では、トレントは原罪、聖書と伝統の関係、ラテン語のヴァルガイトの権威、正当化に関する法令を発表したが、実際的な改革の方法ではほとんど推進されなかった。 これらの教義上の立場は、すべてプロテスタントの意見に対する直接的な反応であり、効果的に反宗教改革の始まりを合図しました。 パウロは最終的にボローニャへの評議会の移転を提案したが、病気の発生が参加者の間で恐怖を引き起こしたが、シャルルは評議会を教皇の土壌に置いていたので許可しなかった。 その結果、教皇は1547年の第八回会議の後に評議会を中断し、それは彼の後継者、ユリウスIIIの下で1553年まで再び招集されませんでした。
シャルルとの紛争は、パウロの教皇の残りの部分をマークします。 彼は息子にパルマとピアチェンツァの土地を与え、1547年にシャルルの同盟者によって殺害された皇帝、ピエルルイジの敵を指摘していた。 ポールの孫であるオッタヴィオはチャールズに加わるために雇われ、彼は彼にピエルリグイの土地を与えた。 これによりファルネーゼ家に亀裂が生じ、教皇の任期の残りを消費することになったが、彼は最終的に死ぬ前に息子と和解した。 パウロは1549年11月10日に熱病で亡くなり、聖ペテロに埋葬された。